Сортировка функций на основе их важности в CARET пакете

Question

В caret пакет и система помощи для соответствующих varImp() есть:

Частичные наименьших квадратов: переменная значение мера здесь основана на взвешенных сумм абсолютных коэффициентов регрессии , Веса являются функцией сокращения сумм квадратов по числу компонентов PLS и вычисляются отдельно для каждого результата. Следовательно, вклад коэффициентов взвешен пропорционально уменьшению сумм квадратов.

Ниже выходной переменной значение модели классификации по caret пакета method="pls":

> varImp(plsFitvac) 
    pls variable importance 

    variables are sorted by average importance across the classes 
      H  P  R  Q 
IL17A 9.516 100.000 19.813 61.20 
IL8  17.814 1.344 80.628 34.33 
IL6ST 10.319 75.452 62.296 68.41 
IL23A 7.662 55.422 43.188 44.17 
IL27RA 10.311 0.000 45.932 24.76 
IL12RB2 15.497 28.467 38.848 33.73 
IL12B 13.569 22.799 32.728 27.25 
IL12RB1 12.292 23.431 6.395 18.67 
IL12A 10.394 22.774 12.330 18.94 
EBI3 12.039 6.932 14.877 11.01 
IL23R 13.053 10.018 9.708 13.22 

это нормально, но когда я извлекаю этот кадр данных по этой строке кода:

df <- varImp(plsFitvac)$importance 

Я получаю то же самое из выше, но unsorted, было бы очень приятно, хотя если бы отсортировано. Во всяком случае, сортировать этот кадр данных на основе среднего значения по классам (как указано в выходных данных), я сделал это:

df$Sort <- apply(df, 1, sum) 
df$Sort <- df$Sort/ncol(df) # not needed since sum and average will be sorted alike 
df[order(df$Sort,decreasing=TRUE),] 

> df[order(df$Sort,decreasing=TRUE),] 
       H   P   R  Q  Sort 
IL6ST 10.318521 75.451572 62.295779 68.40740 43.294655 
IL17A 9.515726 100.000000 19.813439 61.20098 38.106029 
IL23A 7.662351 55.422249 43.187811 44.16892 30.088267 
IL8  17.813522 1.343589 80.628315 34.32519 26.822122 
IL12RB2 15.497069 28.466890 38.847943 33.73476 23.309331 
IL12B 13.569266 22.798682 32.727759 27.24567 19.268275 
IL27RA 10.311489 0.000000 45.1 24.76301 16.201321 
IL12A 10.393673 22.773860 12.329890 18.94323 12.888131 
IL12RB1 12.291526 23.431046 6.395495 18.66685 12.156983 
IL23R 13.053380 10.018339 9.708473 13.22094 9.200227 
EBI3 12.039321 6.931682 14.877214 11.00619 8.970881 

Так что в конечном итоге с различной версии, чем из отсортированного списка caret через varImp() функция. Я что-то упустил? Благодарю.

Примечание:
я не прошел importance = TRUE аргумент train() вызова для модели PLSDA, т.е. method = "pls".

$ значение

> dput(df) 
structure(list(H = c(17.8135216215421, 9.51572613703257, 7.66235106434041, 
13.0533801732928, 12.0393206867905, 10.3185210244416, 10.3936725783446, 
15.4970686175322, 13.569265567599, 12.291526066084, 10.3114887728613 
), P = c(1.34358921525031, 100, 55.4222485106407, 10.0183388053119, 
6.93168239216908, 75.4515720604057, 22.7738599760963, 28.4668895810321, 
22.7986823025468, 23.4310464801875, 0), R = c(80.6283150180913, 
19.8134392303359, 43.1878112878907, 9.70847280019312, 14.8772141493434, 
62.2957787591232, 12.3298895434334, 38.8479426109151, 32.7277593254102, 
6.39549491068232, 45.1268196), Q = c(34.3251855315416, 61.2009790458015, 
44.1689231007598, 13.2209412495112, 11.0061874803613, 68.4074013762385, 
18.9432341406872, 33.7347566350668, 27.2456691770754, 18.6668467881651, 
24.7630136095146)), .Names = c("H", "P", "R", "Q"), row.names = c("IL8", 
"IL17A", "IL23A", "IL23R", "EBI3", "IL6ST", "IL12A", "IL12RB2", 
"IL12B", "IL12RB1", "IL27RA"), class = "data.frame") 

Вопрос:

Как измерить значение через классы? могу ли я доверять varImp() выход unsorted?

РЕДАКТИРОВАТЬ:
метод, с помощью max() для ранжирования важности переменных:

vi <- varImp(plsFitvac)$importance 
vi$max <- apply(vi, 1, max) 
vi[order(-vi$max),] 

в результате того же от varImp():

varImp(plsFitvac) 

, которые дали это:

> vi[order(-vi$max),] 
       H   P   R  Q  max 
IL17A 9.515726 100.000000 19.813439 61.20098 100.00000 
IL8  17.813522 1.343589 80.628315 34.32519 80.62832 
IL6ST 10.318521 75.451572 62.295779 68.40740 75.45157 
IL23A 7.662351 55.422249 43.187811 44.16892 55.42225 
IL27RA 10.311489 0.000000 45.1 24.76301 45.
IL12RB2 15.497069 28.466890 38.847943 33.73476 38.84794 
IL12B 13.569266 22.798682 32.727759 27.24567 32.72776 
IL12RB1 12.291526 23.431046 6.395495 18.66685 23.43105 
IL12A 10.393673 22.773860 12.329890 18.94323 22.77386 
EBI3 12.039321 6.931682 14.877214 11.00619 14.87721 
IL23R 13.053380 10.018339 9.708473 13.22094 13.22094 

, но с использованием sum() важности для разных классов дали другой рейтинг (см. Выше). Итак, какой из них правильный и что происходит в случае связей в методе max()?

Answer 1

Выход показано с помощью varImp(plsFitvac) является отформатирован и показано некоторым сокращенным уровнем точности:

> format(9.515726, digits = 4) 
[1] "9.516" 

Попробуйте использовать различные значения digits в этом коде:

format(varImp(plsFit)$importance, digits = 4) 

и вы должны быть что они имеют одинаковые значения.

При печати кадра данных print.data.frame использует digits = getOption("digits"), а print.varImp.train использует max(3, getOption("digits") - 3).

Значение по умолчанию getOption("digits") дает мне головную боль, которая является моей функцией, так это то, что она есть.

EDIT: если вопрос о заказе, то как функция оценивает их, нужно найти максимальную важность для всех предикторов для каждого из них и заказать их на основе этого. Это немного больше (в случае связей и т. Д.), А код находится в недокументированной внутренней функции sortImp. Этот код должен аппроксимировать эту функцию:

vi$max <- apply(vi, 1, max) 
vi[order(-vi$max),] 

Макс

Answer 2

Попробуйте с использованием, write.csv2 (varImp (VI), "vi.csv") и вы можете сделать сортировки в Excel.