2016-09-19 3 views
0

У меня есть определенные строки, у которых есть идентификаторы в 4-м столбце файла, заканчивающиеся на «: E1» (я хочу удалить эти строки, которые имеют 4-й столбец, конкретно заканчивающийся: E1 not : E11 или: E10 s и т. Д.). Когда я делаю Grep Я понимаю, что есть 87 линии, имеющей этого шаблонУдаление буквенного числового суффикса в файле

grep "\:E1\b" File | wc -l 
    87 

Однако, когда я

sed '/:E1$/d' File > tmp 
    wc -l File 
    245797 File 
    wc -l tmp 
    245797 tmp 

который совпадает с первоначальной длиной файла, в котором указывается, что линии с рисунком окончания с: E1 не удаляется. Где я ошибаюсь в понимании команды? файл выглядит следующим образом

chr1 133374 133566 ENSG00000238009:E1 - ENSG00000238009 1 
chr1 995083 995226 ENSG00000217801:E1 + ENSG00000217801 1 
chr1 1385294 1385499 ENSG00000215915:E1 + ENSG00000215915 1 
chr1 10003388 10003465 ENSG00000162441:E1 - ENSG00000162441 1 
chr1 38273332 38273352 ENSG00000197982:E1 + ENSG00000197982 1 

Я хочу, чтобы удалить строки, оканчивающиеся на: E1 в 4-м столбце

+1

В вашем регулярном выражении ': E1 $' '$' означает конец строки. Ни одна из строк не заканчивается символом ': E1'. –

+0

Я отредактировал его «чтобы линии с рисунком, заканчивающиеся на: E1 не удаляются» – AishwaryaKulkarni

+1

Вы говорите: «хотите удалить те, которые заканчиваются на: E1» и «Я хочу удалить строки, заканчивающиеся на: E1 в 4 й столбец "и" что линии с шаблоном, заканчивающиеся на: E1, не удаляются ". Что он? Пожалуйста, уточните этот вопрос. –

ответ

2

Я хочу удалить строки, оканчивающиеся на: E1 в 4-м столбце:

$ awk '$4 !~ /:E1$/' foo 
$ 
+1

Спасибо, я сделал следующее awk '$ 4! ~ /: E1 $ /' File> tmp; wc -l tmp , который показывает 245710 tmp; wc -l Файл, который показывает файл 245797 – AishwaryaKulkarni

1

Искать :E1 по крайней линии ($) и заменить ничем:

sed 's/:E1$//' File 
+0

Кажется, он все еще не работает – AishwaryaKulkarni

+0

Загрузите файл где-нибудь и разместите ссылку здесь. – Cyrus

+1

Сделано редактирование на вопрос и прикрепленные примеры строк – AishwaryaKulkarni

Смежные вопросы