Ошибка сегментации при использовании MPI_File_read_at

Question

Я пытаюсь написать простой метод для чтения файла параллельно, где каждый процесс будет считывать несколько int из файла, чтобы разделить данные на каждый процесс, но я получаю ошибку сегментации и я не могу понять, почему и как это исправить. Вот код, который я написал:

#include <stdio.h> 
#include <stdlib.h> 

#include "mpi.h" 

#define NUM_INTS 5 

int main (int argc, char** argv) { 

MPI_Init(&argc, &argv); 

int i; 
int rank,processes,name_len; 
const int root=0; 
int *buf; 
char *filename = "file.txt"; 

MPI_File fh; 
MPI_Status status; 
MPI_Offset offset; 

char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME]; 

MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank); 
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &processes); 
MPI_Get_processor_name(processor_name, &name_len); 

MPI_File_open(MPI_COMM_WORLD, filename, MPI_MODE_RDONLY, MPI_INFO_NULL, &fh); 

buf = malloc(NUM_INTS * sizeof(int)); 

MPI_File_set_view(fh, 0, MPI_INT, MPI_INT, (char *)NULL, MPI_INFO_NULL); 

offset = rank * NUM_INTS; 

MPI_File_read_at(fh, offset, buf, NUM_INTS, MPI_INT, &status); 
MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD); 

MPI_File_close(&fh); 

for (i=0;i<NUM_INTS;i++) 
    printf("rank %d data[%d] = %d\n", rank, i, buf[i]); 

free(buf); 

MPI_Finalize(); 
return 0; 
} 

Файл содержит 10 ints, которые я попытался разбить на 2 процесса. Я думаю, что проблема в MPI_File_read_at, потому что все печатные издания работают до этой линии

Спасибо заранее

Answer 1

Не будучи полностью осведомлены о функциональности MPI, я не уверен на 100%, где ваша проблема либо, однако вот несколько общих советов по отладке, которые вы можете использовать, чтобы попытаться выявить проблему.

1) Используйте отладчик. GDB или аналогичный ваш друг здесь, вы должны иметь возможность использовать его для выполнения вашей программы по строкам, следя за всеми переменными, когда вы идете, и это должно помочь вам отследить, где именно он генерирует ошибку сегментации, и вы должны знайте значения переменных в то время. Это должно значительно помочь выяснить, в чем проблема.

2) Если у вас есть дамп ядра, вы можете снова использовать gdb для выполнения посмертной отладки и получить трассировку стека от точки сбоя, это может пролить свет на проблему.

3) В противном случае вы всегда можете использовать метод «отладки» printf(), отлаживать/выгружать все, как вы его вычисляете, это может помочь, но в прошлом я обнаружил, что это может привести к местам памяти вещей, которые нужно изменить, а иногда и удалить сбой ... Обратите внимание, что это не устраняет вашу проблему, вы просто переделали память так, чтобы она не выпадала из строя в текущих обстоятельствах.

Answer 2

Почему вы передаете «null» в ваше представление типа данных? (на самом деле, почему вы вообще настраиваете просмотр файла?)

Если вы следовали совету @Colin Cassidy, у вас был бы задний след, указывающий непосредственно на проблему: это не MPI_File_read_at, это MPI_File_set_view.

Либо удалите эту строку, или изменения (символ *) NULL в «родной»

Кроме того, вы должны проверить возвращаемые значения, но это не поможет вам здесь. См. Мой ответ на этот вопрос: How to use and interpret MPI-IO Error codes?

MPICH (или, скорее, ROMIO) не должен segfault на вашем входе в мусор. У меня есть патч для этого. У вас есть смешной побочный эффект: ваш вызов MPI_File_set_view возвращает ошибку, которую вы игнорируете, а затем остальная часть вашего кода ведет себя так, как вы этого хотели.