Проблема с пакетами R, установленными с корнем

Question

По какой-то причине я не смог установить пакет rJava без привилегий root (используя sudo R, а затем install.packages ('rJava')). Он должен был решить мою проблему, однако я могу использовать этот пакет только при запуске R с sudo R. Если я запустил его без sudo, R будет действовать так, как если бы этот пакет не был установлен.

Я попытался посмотреть/usr/local/lib/R/site-library, каждый пакет принадлежит моему пользователю и группе «staff», кроме этого, который принадлежит root и персоналу. Права для каждого пакета - rwxrwxr-x, и я работаю в группе, поэтому у меня должны быть все необходимые разрешения. Кроме того, я попытался сменить владельца папки rJava на моего пользователя и ничего не изменил. У кого-нибудь есть идея, почему rJava не распознается, если я начинаю R без sudo? Спасибо!

Answer 1

У меня также возникли проблемы с установкой rJava, поэтому я опишу шаги, которые я предпринял, чтобы исправить это, хотя это может быть специфично для моей системы. Есть, по крайней мере, шанс, что это сработает и для вас.

Удалить rJava и OpenJDK:

sudo apt-get purge r-cran-rjava 
sudo apt-get purge openjdk-7-jre 

Установите оракула Java:

sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java 
sudo apt-get update 
sudo apt-get install oracle-java8-installer 

Переустановка rJava

sudo apt-get install r-cran-rjava 

После того, что все что надо. glmulti также установлен отлично.

Answer 2

Попробуйте сначала убрать переменную окружения JAVA_HOME перед запуском R:

unset JAVA_HOME