Когда приложение ClickOnce публикуется/развертывается, что именно происходит в процессе подписи? Это только файлы манифеста, которые подписаны? Или нужно, чтобы все DLL, созданные из сборки, должны были быть подписаны? Или оба?Подпись ClickOnce - что на самом деле подписано?
И приложение (исполняемый), и манифест должны быть подписаны. Что будет подписано во время публикации, будет зависеть от вашей конфигурации.
Если вы установили флажок «Подписать манифест ClickOnce» в Visual Studio, только манифест будет подписан, но не приложение exe.
Поскольку манифест включает подпись exe, вы хотите сначала подписать exe, а затем манифест. Это гарантирует, что манифест включает подписанный exe. Чтобы получить как манифест, так и исполняемый файл, подписанный в правильном порядке, есть очень хорошее сообщение в блоге http://robindotnet.wordpress.com/2013/02/24/windows-8-and-clickonce-the-definitive-answer-2/