Как перебрать файлы в разных каталогах [R]

Question

Итак, я настроил цикл ... однако мои файлы, которые я хочу перебрать (скажем, 10), находятся в разных каталогах, но шаблон пути аналогично, за исключением того, что число изменяется в зависимости от того, в какой семье его до.

Например, у меня есть код, написанный, как это:

for(i in 1:numfiles) { 
olddata <- read.table(paste("/home/smith/Family",i,"/Family",i,".txt",sep="\t"),header=T) 

Some code 

write.table(newdata,(paste("/home/smith/Family",i,"/Family",i,"test.txt",sep=",",quote=F,row.names=F) 

}

Единственная проблема у меня есть, что семейные номера не идут в числовом порядке. Некоторые из них помечены как раз числом (скажем, 2), а у других есть письмо, прилагаемое к этому номеру (скажем, 1a)

Во-первых, ему не нравятся «numfiles», а также мне говорят, что есть лишняя скользящая скобка в конце моего кода. Я написал функцию в своем «некотором коде», поэтому не знаю, может ли быть проблема с этим .

Я по отношению к новым R, так что любая помощь будет высоко оценен

Answer 1

Посмотрите ?list.files и ?dir, например:

files <- list.files("/home/smith", pattern="Family[[:alnum:]]+.txt", recursive=TRUE, full.names=TRUE) 

for (currentFile in files) { 
    olddata <- read.table(currentFile, header=TRUE) 
    ## some code 
    write.table(newdata, file=sub(pattern=".txt$", replacement="test.txt", x=currentFile)) 
} 

Или:

dirs <- dir("/home/smith", pattern="Family[[:alnum:]]+$") 

fileName <- file.path(dirs, paste0(dirs, ".txt")) 
testFileName <- file.path(dirs, paste0(dirs, "_test.txt")) 

for (i in seq(along=fileName)) 

    olddata <- read.table(fileName[i], header=TRUE) 
    ## some code 
    write.table(newdata, file=testFileName[i]) 
}