Я пытаюсь получить пример кода для работы с OpenMS и столкнуться с множеством проблем. У меня есть (только небольшой пример программы, которая поставляется в качестве примера):Неопределенные проблемы с символами при использовании пространства имен OpenMS
#include <OpenMS/FILTERING/SMOOTHING/GaussFilter.h>
#include <OpenMS/FORMAT/MzMLFile.h>
#include <OpenMS/KERNEL/StandardTypes.h>
#include <stdio.h>
using namespace OpenMS;
using namespace std;
Int main(){
PeakMap exp;
MzMLFile mzdata_file;
mzdata_file.load("../sampledata_Centroidmode.mzML",exp);
GaussFilter g;
Param param;
param.setValue("gaussian_width",1.0);
g.setParameters(param);
g.filterExperiment(exp);
return 0;
}
И я скомпилировать:
g++ -Wall -IOpenMS-1.7.0/include -IOpenMS-1.7.0/contrib/include -I/Library/Frameworks/QtCore.framework/Headers -arch i386 scratch.cpp
Он приходит с лодкой ошибок (о ~ 500Kb из них, на самом деле). Проблема, похоже, заключается в «использовании пространства имен OpenMS»; Небольшой образец ошибок:
Undefined symbols:
"OpenMS::DataValue::DataValue(int)", referenced from:
OpenMS::Internal::MzMLHandler<OpenMS::MSExperiment<OpenMS::Peak1D, OpenMS::ChromatogramPeak> >::handleUserParam_(OpenMS::String const&, OpenMS::String const&, OpenMS::String const&, OpenMS::String const&, OpenMS::String const&)in cc7cSzjW.o
"OpenMS::DataValue::DataValue()", referenced from:
OpenMS::Internal::MzMLHandler<OpenMS::MSExperiment<OpenMS::Peak1D, OpenMS::ChromatogramPeak> >::handleUserParam_(OpenMS::String const&, OpenMS::String const&, OpenMS::String const&, OpenMS::String const&, OpenMS::String const&)in cc7cSzjW.o
"OpenMS::SourceFile::operator!=(OpenMS::SourceFile const&) const", referenced from:
OpenMS::Internal::MzMLHandler<OpenMS::MSExperiment<OpenMS::Peak1D, OpenMS::ChromatogramPeak> >::writeTo(std::basic_ostream<char, std::char_traits<char> >&)in cc7cSzjW.o
OpenMS::Internal::MzMLHandler<OpenMS::MSExperiment<OpenMS::Peak1D, OpenMS::ChromatogramPeak> >::writeTo(std::basic_ostream<char, std::char_traits<char> >&)in cc7cSzjW.o
OpenMS::Internal::MzMLHandler<OpenMS::MSExperiment<OpenMS::Peak1D, OpenMS::ChromatogramPeak> >::writeTo(std::basic_ostream<char, std::char_traits<char> >&)in cc7cSzjW.o
...
ld: symbol(s) not found
collect2: ld returned 1 exit status
Кто-нибудь имеет представление о том, что я не делаю правильно?
О, хороший звонок. Я добавил OpenMS lib, но я думаю, что мне все еще нужен Qt - где обычно устанавливаются библиотеки Qt? – sbirch
Я думаю, что по умолчанию это/usr/local/Trolltech/Qt- $ VERSION /, но я мог ошибаться ... –
Я действительно нашел другой способ (метод г-на Ри тоже может работать). Я использовал qmake -project, отредактировал .pro: (INCLUDEPATH + = OpenMS-1.7.0/include INCLUDEPATH + = OpenMS-1.7.0/contrib/include unix: LIBS + = OpenMS-1.7.0/contrib/lib unix: LIBS + = OpenMS-1.7.0/lib -lOpenMS) и используется qmake -makefile -spec macx-g ++/make. – sbirch