Объем вопроса слишком широк для покрытия StackOverflow.
Однако есть проект с открытым исходным кодом под названием DirComp.NET.
Это похоже на хорошую отправную точку для вас.
DirComp.NET - это простой инструмент командной строки, написанный на VB.NET, который сравнивает два каталога и либо отображает различия, либо зеркалирует один каталог на другой. Например, он может использоваться для резервного копирования большого репозитория файлов путем сохранения зеркальной копии. Он хорошо сочетается с существующей инфраструктурой Windows, которая уже предоставляет файловые ресурсы. И, наконец, DirComp.NET основан на .NET Framework 2.0, который доступен из Windows 2000 и выше.
Оставьте свой код. – OneFineDay
С помощью умного чтения я собираюсь угадать, что одно из ваших логических элементов перевернуто. Эй, это так же хорошо, как и любой другой, так как ты не дал нам ничего, чтобы продолжать. :п – neminem