Извлечение p-значений для фиксированных эффектов из вывода nlme/lme4

Question

Я пытаюсь извлечь отдельные элементы (специфичные значения p) из таблицы фиксированных эффектов, содержащихся в объекте, созданном сводным вызовом модели смешанных эффектов.

Игрушка данных:

set.seed(1234) 
score <- c(rnorm(8, 20, 3), rnorm(8, 35, 5)) 
rep <- rep(c(0,1,2,3), each = 8) 
group <- rep(0:1, times = 16) 
id <- factor(rep(1:8, times = 4)) 

df <- data.frame(id, group, rep, score) 

Теперь создать модель

require(nlme) 

modelLME <- summary(lme(score ~ group*rep, data = df, random = ~ rep|id)) 

modelLME 

Когда мы называем его мы получим вывод

Linear mixed-effects model fit by REML 
Data: df 
     AIC  BIC logLik 
    219.6569 230.3146 -101.8285 

Random effects: 
Formula: ~rep | id 
Structure: General positive-definite, Log-Cholesky parametrization 
      StdDev  Corr 
(Intercept) 2.664083e-04 (Intr) 
rep   2.484345e-05 0  
Residual 7.476621e+00  

Fixed effects: score ~ group * rep 
       Value Std.Error DF t-value p-value 
(Intercept) 22.624455 3.127695 22 7.233587 0.0000 
group  -1.373324 4.423229 6 -0.310480 0.7667 
rep   2.825635 1.671823 22 1.690152 0.1051 
group:rep 0.007129 2.364315 22 0.003015 0.9976 
Correlation: 
      (Intr) group rep 
group  -0.707    
rep  -0.802 0.567  
group:rep 0.567 -0.802 -0.707 

Standardized Within-Group Residuals: 
     Min   Q1   Med   Q3   Max 
-1.86631781 -0.74498367 0.03515508 0.76672652 1.91896578 

Number of Observations: 32 
Number of Groups: 8 

Теперь можно извлечь оценки параметров для фиксированной эффекты через

fixef(modelLME) 

но как извлечь p-значения?

Чтобы извлечь всю таблицу случайных эффектов мы называем

VarCorr(modelLME) 

, а затем извлекать отдельные элементы внутри этой таблицы с помощью функции Подменит [,]. Но я не знаю, что эквивалентная функция для VarCorr() для фиксированных эффектов.

Answer 1

Вы можете извлечь р-значения с:

modelLME$tTable[,5] 

    (Intercept)   group    rep  group:rep 
0.0000003012047 0.7666983225269 0.1051210824864 0.9976213300628 

Вообще, глядя на str(modelLME) помогает найти различные компоненты.