Без какой-либо информации о том, какая ошибка возникает в вашей программе, я думаю, что проблема связана с функцией math.sqrt, которая не находит сложных корней.
Поэтому я предлагаю вам использовать CMATH таким образом:
import cmath, math
print "welcome !This program will solve your quadratic equation"
A = input("inter a =")
B = input("inter b =")
C = input("inter c =")
J=math.pow(B,2)-4*A*C
X1=-B+cmath.sqrt(J)/2*A
X2=-B-(cmath.sqrt(J))/(2*A)
print "your roots is :" , X1 , X2
Кроме того, я предлагаю вам реализовать некоторые проверки на входе, так как пользователь может вставить строку или нуль ценность (как предлагает @Ted Кляйн Бергман).
Если это не решит вашу проблему, пожалуйста, внесите изменения в свой вопрос и добавьте более подробную информацию о вашей ошибке.
Пожалуйста, [форматируйте свой код более красиво] (http://stackoverflow.com/help/formatting), а также включайте ошибку, которую вы получаете при ее запуске –
Предполагаем ли мы догадываться, что такое ошибка? И это * точно * отступ, который вы используете в своем фактическом коде? –