несколько команд qsub одновременно

Question

Я использую вычислительный кластер моего отдела с Sun Grid Engine.

Когда мне нужно запускать несколько заданий R, Обычно я пишу файлы сценария оболочки с именами s01.sh, s02.sh, ..., s50.sh, которые имеют «R CMD BATCH r01.r», «R CMD BATCH r02.r ', ...,' R CMD BATCH r50.r 'в качестве его содержимого.

Затем я открываю «PUTTY», войдите в систему, а затем должен ввести «qsub s01.sh», «qsub s02.sh» и т. Д.

Если есть сотни рабочих мест, это настоящая работа, чтобы вручную ввести сотни рабочих мест. Есть ли способ запустить несколько команд «qsub» одновременно?

Answer 1

Я думаю, вам просто нужно запустить команды qsub последовательно, так как qsub сам должен быть довольно быстрым. (Представленные команды, вероятно, будут работать параллельно.)

Вам просто нужен цикл.

Предполагая, что вы уже создали r*.r файлы, это легко сделать с помощью небольшого скрипта:

#!/bin/bash 

for file in r*.r ; do 
    script=$(echo $file | sed 's/^r/s/;s/\.r$/.sh/') 
    ( 
     echo "#/bin/sh" 
     echo "R CMD BATCH $file" 
    ) > $script 
    chmod +x $script 
    qsub $script 
done 

Answer 2

Я предполагаю, что сценарии для запуска в текущей папке.

for file in s*.sh; do; qsub $file; done