Я работаю на удаление, соответствующие данные из 2-х файлов, которые отформатированы как таковой:Multiple сравнение колонки Perl
scaffold_1 21786 . A G 198 . DP=44;VDB=0.0402;AF1=1
То, что я пытаюсь сделать, это проверить эти 2 файла друг против друга для столбцов 1- 5 (scaffold_1
до G
в этом случае). Если все они совпадают, то я хочу пропустить строки, но если у меня есть несоответствие в этих 5, они отправятся в свои собственные файлы для записи.
#!/usr/bin/perl
#bothfixed.pl
use strict; use warnings;
die "usage <file1> <file2> <write1> <write2>\n" unless @ARGV ==4;
open (my $file1, "<", "$ARGV[0]") or die "Can't open $file1:$!";
open (my $file2, "<", "$ARGV[1]") or die "Can't open $file1:$!";
open (my $write1, ">", "$ARGV[2]");
open (my $write2, ">", "$ARGV[3]");
my $line1;
my $line2;
my @array1;
my @array2;
while (not eof $file1 && not eof $file2) {
$line1 = <$file1> ;$line2 = <$file2>; #print $line1;
@array1 = split (/\t/, $line1);
my @slice1 = @array1[0..4];
@array2 = split (/\t/, $line2);
my @slice2 = @array2[0..4];
my $string1 = join ('',@slice1);
my $string2 = join ('',@slice2);
if ($string1 eq $string2) {next}
else {print $write1 "$line1" ; print $write2 "$line2"}
}
Я вижу только одну строку, снятую в этом процессе, и я думаю, что это означает, что что-то не так с моим время цикла, но это примерно так же хорошо догадка, как я.
Любые идеи?
Я добавил несколько тестовых данных.
строки из файла 1.
scaffold_1 721 . T C 222 . DP=67;VDB=0.0411;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,30,33;MQ=60;FQ=-217 GT:PL:DP:GQ 1/1:255,190,0:63:99
scaffold_1 1282 . T G 36 . DP=67;VDB=0.0396;AF1=0.5;AC1=1;DP4=23,23,15,5;MQ=26;FQ=39;PV4=0.1,0.097,0.039,1 GT:PL:DP:GQ 0/1:66,0,255:66:69
scaffold_1 15917 . AATATATATATATATATATATATATATATATATATAT AATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT 127 . INDEL;DP=71;VDB=0.0387;AF1=0.5;AC1=1;DP4=3,13,5,6;MQ=57;FQ=130;PV4=0.21,1,0.21,1 GT:PL:DP:GQ 0/1:165,0,255:27:99
scaffold_1 19183 . TAC TACAC 217 . INDEL;DP=83;VDB=0.0408;AF1=0.5;AC1=1;DP4=24,18,16,19;MQ=60;FQ=217;PV4=0.36,1,1,0.0074 GT:PL:DP:GQ 0/1:255,0,255:77:99
scaffold_1 21786 . A G 198 . DP=44;VDB=0.0402;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,21,22;MQ=60;FQ=-156 GT:PL:DP:GQ 1/1:231,129,0:43:99
scaffold_1 26031 . G A 169 . DP=83;VDB=0.0263;AF1=0.5;AC1=1;DP4=23,14,21,24;MQ=60;FQ=172;PV4=0.19,6.7e-28,1,1 GT:PL:DP:GQ 0/1:199,0,255:82:99
scaffold_1 33033 . A T 206 . DP=61;VDB=0.0411;AF1=0.5;AC1=1;DP4=17,22,13,8;MQ=60;FQ=209;PV4=0.28,3.4e-05,1,1 GT:PL:DP:GQ 0/1:236,0,255:60:99
scaffold_1 33799 . C A 146 . DP=56;VDB=0.0394;AF1=0.5;AC1=1;DP4=13,14,13,14;MQ=60;FQ=149;PV4=1,6.2e-28,0.16,0.14 GT:PL:DP:GQ 0/1:176,0,255:54:99
scaffold_1 35051 . CAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAA 32.5 . INDEL;DP=51;VDB=0.0447;AF1=1;AC1=2;DP4=1,1,22,13;MQ=60;FQ=-118;PV4=1,1,1,1 GT:PL:DP:GQ 1/1:73,83,0:37:99
строки из файла 2
scaffold_1 721 . T C 221 . DP=57;VDB=0.0407;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,23,32;MQ=60;FQ=-193 GT:PL:DP:GQ 1/1:254,166,0:55:99
scaffold_1 1282 . T G 80 . DP=82;VDB=0.0383;AF1=0.5;AC1=1;DP4=29,30,13,9;MQ=26;FQ=83;PV4=0.46,0.19,0.5,1 GT:PL:DP:GQ 0/1:110,0,238:81:99
scaffold_1 10472 . A C 23 . DP=44;VDB=0.0402;AF1=0.5;AC1=1;DP4=6,8,1,11;MQ=60;FQ=26;PV4=0.081,9.7e-12,1,1 GT:PL:DP:GQ 0/1:53,0,246:26:56
scaffold_1 15917 . AATATATATATATATATATATATATATATATATATAT AATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT 186 . INDEL;DP=39;VDB=0.0416;AF1=0.5;AC1=1;DP4=5,6,5,5;MQ=60;FQ=189;PV4=1,1,1,0.43 GT:PL:DP:GQ 0/1:224,0,237:21:99
scaffold_1 19183 . TAC TACAC 217 . INDEL;DP=76;VDB=0.0383;AF1=0.5;AC1=1;DP4=16,12,20,23;MQ=60;FQ=217;PV4=0.47,1,1,0.11 GT:PL:DP:GQ 0/1:255,0,255:71:99
scaffold_1 21786 . A G 196 . DP=58;VDB=0.0365;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,33,24;MQ=60;FQ=-199 GT:PL:DP:GQ 1/1:229,172,0:57:99
scaffold_1 26031 . G A 169 . DP=70;VDB=0.0407;AF1=0.5;AC1=1;DP4=13,12,22,23;MQ=60;FQ=172;PV4=1,6.1e-26,1,1 GT:PL:DP:GQ 0/1:199,0,255:70:99
scaffold_1 33033 . A T 225 . DP=41;VDB=0.0404;AF1=0.5;AC1=1;DP4=8,9,13,10;MQ=60;FQ=225;PV4=0.75,0.0052,1,1 GT:PL:DP:GQ 0/1:255,0,255:40:99
scaffold_1 33799 . C A 116 . DP=61;VDB=0.0410;AF1=0.5;AC1=1;DP4=18,20,11,12;MQ=60;FQ=119;PV4=1,3.6e-28,1,0.46 GT:PL:DP:GQ 0/1:146,0,255:61:99
scaffold_1 35051 . CAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA 47.5 . INDEL;DP=40;VDB=0.0384;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,16,17;MQ=60;FQ=-128 GT:PL:DP:GQ 1/1:88,93,0,82,60,76:33:99
Если все 5 сравнений должны быть истинными, вы не можете печатать после каждой отдельной проверки, вы должны выполнить все тесты сразу. Если вы ищете равенство строк, вы можете также захватить первые 5 столбцов в одной строке и сравнить их. – TLP
Я отредактировал код в соответствии с тем, что вы описали (я думаю), но у меня все же возникают те же проблемы. – aupadhyaya
Почему вы отбрасываете каждую другую линию? (в последнем абзаце) – choroba