application domain Используется для изоляции приложений, чтобы они не влияли друг на друга. Таким образом, наличие отдельного веб-сайта для каждой службы предлагает более высокий fault-tolerance и позволяет вам обновлять только меняющуюся услугу, не затрагивая других. Однако для развертывания потребуется немного больше работы. Вероятно, больше ресурсов будет потреблено, и инициализация займет немного больше времени (так как будет создано больше доменов приложений), но если это не время или критически важное приложение, это может вас не беспокоить.
Я думаю, что если между вашими услугами будет хорошее разделение, ваши услуги будут иметь (субъективно) разумную сложность, и возникающие накладные расходы незначительны для вас, было бы лучше пойти на отдельные сайты, иначе нет. (Да, в общем, это зависит.)
Примечание: Вы также можете взглянуть на эту статью:
Hosting multiple WCF services as one single service