Как я могу установить пакеты в knitr?

Question

До сих пор я использовал этот кусок кода для загрузки пакетов R и записи файлов .R. Но я пытаюсь использовать knitr

rm (list=ls(all=TRUE)) 
kpacks <- c('ggplot2','install_github','devtools','mapdata') 
new.packs <- kpacks[!(kpacks %in% installed.packages()[,"Package"])] 
if(length(new.packs)) install.packages(new.packs) 
lapply(kpacks, require, character.only=T) 
remove(kpacks, new.packs) 
options(max.print=5.5E5) 

Но теперь, когда я положил этот кусок кода в документе Knitr, я получаю эту ошибку:

Error in contrib.url(repos, "source") : 
    trying to use CRAN without setting a mirror calls:...... 

Как я могу это исправить?

Answer 1

Узкий ответ на ваш вопрос, что вы должны установить repos вариант:

options(repos=c(CRAN="<something sensible near you>")) 

Вы ударяя эту проблему, потому что поведение по умолчанию, когда R вариант хранилища изначально не установлено, является запрос пользователя - и он не может этого сделать, если вы используете код не интерактивно.

В более широком смысле, я бы поставил под вопрос, хотите ли вы включить такие вещи в свой код R; при некоторых обстоятельствах это может быть проблематично.

• что делать, если у пользователя нет сетевого подключения?
• Что делать, если они географически очень далеки от вас, так что ваш репозиторий по умолчанию не имеет смысла?
• Что делать, если они не хотят загружать и устанавливать (возможно, большой) пакет?

Моя предпочтительная практика заключается в том, чтобы указывать в инструкциях по запуску кода, в котором должны быть установлены пакеты X, Y, Z (и предоставить им примерный код для их установки, если они неопытные с R).

Answer 2

Один из способов избежать установки пакетов, чтобы сделать что-то вроде

if(!require(package.name)) 
    stop("you need to install package.name") 

В вашем фрагменте кода. В зависимости от ваших настроек документа knitr это приведет к появлению сообщения в документе, в консоли или предотвратит вязание документа.