Создание «стабильной» связи с PYMOL

Question

Я хочу создать лактамный мост (пептидную связь) между двумя остатками через их боковые цепи, начиная с исходной пептидной последовательности (файл pdb). Я использовал две функции из «связи» PYMOL и «предохранителя», чтобы сформировать эту связь. «Бонд» работает отлично, но связь больше не существует, когда я снова открываю файл (что я подразумеваю под «стабильным»). «Предохранитель» вообще не показывает эту связь.

Выберите остатки PyMOL> PK1 облигаций, pk2 или PyMOL> предохранитель pk1, pk2

Любые предложения?

Answer 1

Pymol не будет автоматически сохранять данные обратно в файл pdb. Простой способ сохранить все состояние, которое несет Pymol, - это написать файл .pse. Чтобы создать файл pdb с произвольными связями, которые будут отображаться в Pymol, вы можете добавить записи CONECT. Для этого вы можете просто открыть файл pdb с помощью текстового редактора и добавить запись вручную.