Добавление нескольких столбцов data.table в R

У меня есть data.table с последовательностями и количество просмотров, например, так:Добавление нескольких столбцов data.table в R

sequence num_reads 
1: AACCTGCCG   1 
2: CGCGCTCAA   12 
3: AGTGTGAGC   3 
4: TGGGTACAC   11 
5: GGCCGCGTG   15 
6: CCTTAAGAG   2 
7: GCGGAACTG   9 
8: GCGTTGTAG   17 
9: GTTGTAGCG   20 
10: ACACGTGAC  16

Я хотел бы использовать data.table добавить две новые столбцы эта таблица, основанная на результатах применения dpois() с двумя весами и двумя лямбдами. Правильный вывод должен быть таким (основано на использовании data.frame):

sequence  num_reads      clus1      clus2 
1 AACCTGCCG   1 2.553269503552647000377e-03 1.610220613932057849571e-03 
2 CGCGCTCAA  12 1.053993989051599418361e-02 2.887608256917401083896e-02 
3 AGTGTGAGC   3 2.085170094567994833468e-02 1.717568654860860896672e-02 
4 TGGGTACAC  11 1.806846838374168498498e-02 4.331412385376097462508e-02 
5 GGCCGCGTG  15 1.324248858039188620275e-03 5.415587646672919558410e-03 
6 CCTTAAGAG   2 8.936443262434262332916e-03 6.440882455728230530922e-03 
7 GCGGAACTG   9 4.056186780023639942838e-02 7.444615037365168164207e-02 
8 GCGTTGTAG  17 2.385595369261770803265e-04 1.274255916864215588610e-03 
9 GTTGTAGCG  20 1.196285397159046524451e-05 9.538289904012846548518e-05 
10 ACACGTGAC  16 5.793588753921446012421e-04 2.707793823336458478163e-03

Но когда я пытаюсь использовать data.table я не могу показаться, чтобы получить правильный результат. Вот что я пытался (на основе аналогичных вопросов, которые задают вокруг этой темы):

pois = function(n, p, l){return(dpois(as.numeric(as.character(n)), l)*p) } 
    x = x[, c(paste("clus", seq(1,2), sep = '')) := pois(num_reads, c(0.4,0.6), c(7,8)), by = seq_len(nrow(x))]

И вот результат:

  sequence num_reads        clus1      clus2 
    1: AACCTGCCG   1  2.553269503552647000377e-03 2.553269503552647000377e-03 
    2: CGCGCTCAA  12  1.053993989051599418361e-02 1.053993989051599418361e-02 
    3: AGTGTGAGC   3  2.085170094567994833468e-02 2.085170094567994833468e-02 
    4: TGGGTACAC  11  1.806846838374168498498e-02 1.806846838374168498498e-02 
    5: GGCCGCGTG  15  1.324248858039188620275e-03 1.324248858039188620275e-03 
    6: CCTTAAGAG   2  8.936443262434262332916e-03 8.936443262434262332916e-03 
    7: GCGGAACTG   9  4.056186780023639942838e-02 4.056186780023639942838e-02 
    8: GCGTTGTAG  17  2.385595369261770803265e-04 2.385595369261770803265e-04 
    9: GCGTTGTAG  20  1.196285397159046524451e-05 1.196285397159046524451e-05 
    10: ACACGTGAC  16  5.793588753921446012421e-04 5.793588753921446012421e-04

Причина я использую data.table и не data.frame что мои реальные данные имеют 100 000 строк. Я изучил ответы на this и this, но я не смог найти решение.

Любые советы, которые у вас есть, будут высоко оценены. Благодаря!

источник

2017-02-06 sqlck

Мы можем попробовать

x[, paste("clus", seq(1,2), sep = ''):= 
     as.list(pois(num_reads, c(0.4,0.6), c(7,8))), by = seq_len(nrow(x))] 
x 
# sequence num_reads   clus1  clus2 
#1: AACCTGCCG   1 0.00255326950 0.0016102206 
#2: CGCGCTCAA  12 0.01053993989 0.0288760826 
#3: AGTGTGAGC   3 0.02085170095 0.0171756865 
#4: TGGGTACAC  11 0.01806846838 0.0433141239 
#5: GGCCGCGTG  15 0.00132424886 0.0054155876 
#6: CCTTAAGAG   2 0.00893644326 0.0064408825 
#7: GCGGAACTG   9 0.04056186780 0.0744461504 
#8: GCGTTGTAG  17 0.00023855954 0.0012742559 
#9: GTTGTAGCG  20 0.00001196285 0.0000953829 
#10:ACACGTGAC  16 0.00057935888 0.0027077938

источник

2017-02-06 02:14:08 akrun

это работает именно так, как intended- спасибо за быстрый ответ. Мне любопытно, почему? Почему необходимо принудительно вывести функцию в список? – sqlck

@sqlck - объекты 'list' преобразуются в столбцы в' data.table' - вот как это работает. То же самое относится и к 'data.frame' s 's' data.frame (список (1,2,3)) 'например. – thelatemail

Получил - спасибо. – sqlck

Добавление нескольких столбцов data.table в R

ответ

Смежные вопросы