Я не знаю, Flex Builder конфигурационных файлов проекта (я очень хорошо знаю, ClearCase, хотя), но этот вопрос выглядит как «Do you keep your project files under version control ?» или «Which eclipse files belong under Version Control»
В сущности, вы должны поместить любой файл конфигурации в ClearCase пока у вас есть относительный путь и/или переменная для других пользователей для интерпретации.
Снимки или динамический вид ClearCase будут просто представлять эти файлы для их использования, какими бы они ни были. Например, некоторые eclipse .project или .classpath могут быть сохранены таким образом, используя linked directories.
Итак, для проекта Flex Builder один способ определить, какой файл хранить, - это скопировать минимальное подмножество этих файлов в новый каталог и проверить, можете ли вы повторно открыть проект успешно.
После определения минимального набора файлов вы можете «добавить в исходный код» их.