JAXB должен использоваться, когда у вас есть объекты, в которых значения атрибутов хранятся в XML, поэтому вы можете проанализировать XML-документ и предоставить вам java-объекты, а затем вы можете записать их обратно.
Довольно немного работы, если вы хотите просто изменить некоторые значения. И это не работает с произвольными файлами xml, JAXB имеет собственный формат, связанный с определениями вашего объекта.
JDOM создает также объекты, но объекты, используемые в XML-объекты, такие как элемент, NodeList, ...
Если вы просто хотите изменить некоторые значения -> почему не читает файл XML в виде простого текстового файла и использования чтобы выполнить ваши изменения.
Или модификация более логично определена -> использовать XSLT и переводчик стилей.
Googling для XSLT и Java предоставит вам массу примеров.
JDOM - самый медленный API по производительности, FYI –