Как группировать и подсчитывать случайные строки?

Question

У меня есть несколько тысяч строк данных, которая выглядит следующим образом:

TTGGGG**TCTCCAT** 
TTCTTC**TCTCCAT** 
TTGGGG**TCTCCAT** 
TTCTTC**TCTCCAT** 
TATTAT**TCTCCAT** 

Я хочу, чтобы сгруппировать и считать мои данные, чтобы иметь выход следующим образом:

TTGGGG**TCTCCAT** - 2 
TTGGGG**TCTCCAT** - 2 
TATTAT**TCTCCAT** - 1 

С 6 символов перед Символ, выделенный полужирным шрифтом, случайный, я не уверен, как закодировать его в python.

Answer 1

from collections import Counter 
with open('path/to/input') as infile: 
    counts = collections.Counter(line.strip() for line in infile) 
for seq, count in counts.items(): 
    print(seq, '-', count) 

В приведенном выше решении используется collections.Counter.
Если с другой стороны, вы бы лучше не использовать помощников, встроенные в стандартную библиотеку, то вы можете сделать следующее с идентичными результатами:

counts = {} 
with open('path/to/input') as infile: 
    for line in infile: 
     seq = line.strip() 
     if seq not in counts: 
      counts[seq] = 0 
     counts[seq] += 1 
    for seq, count in counts.items(): 
     print(seq, '-', count) 

Answer 2

Первый метод:

Пример:

>>[1, 2, 3, 4, 1, 4, 1].count(1) 
3 

Таким образом, в вашем случае:

>>['TTGGGG**TCTCCAT**','TTCTTC**TCTCCAT**','TTGGGG**TCTCCAT**','TTCTTC**TCTCCAT**','TATTAT**TCTCCAT**'].count('TTGGGG**TCTCCAT**') 

Второй метод:

>>> from collections import Counter 
>>> z = ['TTGGGG**TCTCCAT**',TTCTTC**TCTCCAT**',TTGGGG**TCTCCAT**','TTCTTC**TCTCCAT**','TATTAT**TCTCCAT**'] 
>>> Counter(z) 
Counter({'TTGGGG**TCTCCAT**':2, 'TTGGGG**TCTCCAT**': 2, 'TATTAT**TCTCCAT**': 1})