Я обновил CLion до последней версии (2016.3.2). Но когда я открываю свой проект, я могу скомпилировать только одну конфигурацию отладка все остальное отсутствует. 
CLION только Конфигурация отладки
На предыдущей версии я не мог выбрать между:
Ничего не изменилось, но обновление версии Clion.
Рабочий процесс CMake действительно значительно изменился в CLion 2016.3: решение оставить только одну конфигурацию было тогда связано с производительностью.
Однако, возможность использовать несколько конфигурации был повторно реализован и улучшен in 2016.3.2:
Перейти к Настройки/Preferences | Создание, выполнение, развертывание | CMake и создайте любое количество конфигураций CMake с нуля или скопируйте существующие (со всеми настройками, предварительно заполненными). Когда это будет сделано, дополнительный контекст разрешения будет доступен в нижнем правом переключателе в редакторе.
https://blog.jetbrains.com/clion/2016/10/clion-2016-3-eap-cmake-overload-resolution/ "одной конфигурации в то время," Я все еще использую предыдущей версии, поскольку я предпочитаю это. Они действительно изменили интерфейс cmake, и я не забочусь об этом. – xaxxon