Нужна помощь для работы моего скрипта python

Question

Я пытаюсь написать сценарий python, который можно использовать для переформатирования файла FASTA в таблицу с двумя столбцами с таблицей, как показано на этом изображении выше. Сценарий должен взять имя входного файла из командной строки, и результаты должны перейти в STDOUT.

Любая помощь будет оценена! Так это то, что я до сих пор:

#/user/bin/env python 
import sys 
import re 
file_object = open(sys.argv[1]) 
for some_line in file_object: 
     if re.search('>', some_line): 
       sys.stdout.write(some_line.strip('\n')+ '\t') 
     else: 
      if re.search('^\w+', some_line): 
          sys.stdout.write(some_line.strip('w') 

Ожидаемый результат:

Answer 1

Ваш еще не выровнен с соответствующим, если заявление. В любом случае, я рекомендую вам избавиться от пакета re, если сможете. Этот пример был бы быстрее:

#/user/bin/env python 
import sys 
file_object = open(sys.argv[1]) 
for some_line in file_object: 
    if some_line.startswith('>'): 
      sys.stdout.write(some_line.strip('\n') + '\t') 
    else: 
      sys.stdout.write(some_line)