2013-03-31 3 views
1

Я хочу знать, есть ли способ выбрать диапазон файлов, используя команду python range, на самом деле я запускаю модельер 9.11 для моделирования гомологии белка?Выберите диапазон файлов, используя диапазон в python

Это питон скрипт:

from modeller import * 
from modeller.scripts import complete_pdb 

log.verbose() # request verbose output 
env = environ() 
env.io.atom_files_directory = './Build_models' 
env.libs.topology.read(file='$(LIB)/top_heav.lib') # read topology 
env.libs.parameters.read(file='$(LIB)/par.lib') # read parameters 

for i in range(1, 5): 
    # read model file 
    code = "Brn3a.B99990000%00d1.pdb" % i 
    mdl = complete_pdb(env, code) 
    s = selection(mdl) 
    s.assess_dope(output='ENERGY_PROFILE NO_REPORT', file='Brn3aloop.profile', 
        normalize_profile=True, smoothing_window=15) 

Я хочу прочитать набор белковых структур, названных как это сохраняется на директории Build_models:

  • Brn3a.B99990001
  • Brn3a.B99990002
  • Brn3a.B99990003
  • Brn3a.B99990004
  • Brn3a.B99990005

Выход из исполняемого вид, как этот

pdbnam_____E> Filename for PDB code not found: Brn3a.B9999000011.pdb 
       Directories: ./Build_models 

Так как я установить диапазон, чтобы выбрать список упомянутых выше?

ответ

2

Вы были почти там; ваш формат:

code = "Brn3a.B9999000%d.pdb" % i 

У вас было несколько слишком много нулей и избыточную 1.

Вы также должны помнить, что значение остановки в диапазоне является не включен, поэтому, чтобы получить число 1 - 5, нужно добавить 1 к параметру остановки:

for i in range(1, 6): 
Смежные вопросы