Я структуру проекта так:Игнорирование целевой реж в подпроектов
/parentproject/.gitignore
/parentproject/subproject1/target
/parentproject/subproject2/target
/parentproject/subproject3/target
Игнорирование целевую папку в каждой директории это правильно:
.gitignore содержание:
/*/target