Трудно сказать, не имея каких-либо показателей мониторинга на вашей виртуальной машине, но не исключено, что запуск gc может привести к отказам соединений, по крайней мере, косвенно. Что происходит may, так это то, что запуск gc заставляет время процесса каждого запроса увеличиваться или запросы на временное прерывание, следовательно, увеличивая количество одновременно требуемых соединений, если шаблон запросов клиентов остается неизменным.
Например, если у вас 10 запросов в секунду, и каждый запрос занимает 1 секунду для обработки, ваш сервер, по крайней мере, в среднем справится с поддержкой 10 параллельных подключений. Если клиент (ы) продолжает размещать 10 запросов/секунду на вашем сервере, но по какой-то причине каждый запрос занимает 2 секунды для обработки вместо 1, серверу придется поддерживать 20 одновременных подключений или начинать отказ от попыток подключения, если только меньшее число позволено.
Это действительно веб-сервер (Tomcat), который иногда отказывается от соединений. – ripper234