Выполнение команд R с использованием сценария bash

Question

У меня есть команды ниже, которые я использую для создания графиков в R. Основным текстовым файлом является cross_correlation.csv.

Как я могу поместить его в скрипт bash, чтобы при запуске его на терминале команды R выполняли свои задания и заканчивали (как и все остальные скрипты оболочки).

cross_correlation <- read.table(file.choose(), header=F, sep="\t") 

barplot(cross_correlation$V3) 
dev.copy(png,"cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100) 
dev.off() 

hist(cross_correlation$V3, breaks=15, prob=T) 
dev.copy(png,"hist_cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100) 
dev.off() 

Answer 1

Если вы установили R, вы также должны иметь программу, установленную Rscript, который может быть использован для запуска R скриптов:

Rscript myscript.r 

Таким образом, вы можете поместить эту строку в Баш скрипт:

#!/bin/bash 

Rscript myscript1.r 
Rscript myscript2.r 
# other bash commands 

Обычно это самый простой способ запуска R-скриптов внутри сценариев bash.

Если вы хотите, чтобы сделать скрипт исполняемым, так что вы можете запустить его, набрав ./myscript.r, вам нужно узнать, где ваш Rscript установлены, набрав:

which Rscript 
# /usr/bin/Rscript 

Тогда ваш myscript.r будет выглядеть следующим образом

#!/usr/bin/Rscript 

cross_correlation <- read.table(file.choose(), header=F, sep="\t") 

barplot(cross_correlation$V3) 
dev.copy(png,"cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100) 
dev.off() 

hist(cross_correlation$V3, breaks=15, prob=T) 

dev.copy(png,"hist_cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100) 
dev.off() 

Этот метод объясняется в this question, что также может дать вам некоторые идеи.