Как grep подсписок списка grep -f в unix? сказать, у меня есть dataframeR grep подписок из главного списка из dataframe
A 1 3 4
B 4 5 6
C 7 8 9
D 1 3 4
E 1 3 3
F 2 4 5
и мне нужно только
A 1 3 4
C 7 8 9
E 1 3 3
F 2 4 5
пролетели как grep c(A C E F)? Большое спасибо!
Я принимаю ACEF are rownames. Assumming, что ваш кадр данных называются dd, основные Подменят должен сделать трюк:
##Select rows where the rownames are in a particular vector
dd[rownames(dd) %in% c("A", "C", "E", "F"), ]
Допуская A..F взято из колонки V1, вы можете использовать grepl, который возвращает TRUE/FALSE:
# gives TRUE when V1 != B, D
df[grepl("[^BD]", df$V1), ]
# V1 V2 V3 V4
# 1 A 1 3 4
# 3 C 7 8 9
# 5 E 1 3 3
# 6 F 2 4 5
Если вы хотите точно случаев, которые являются A, C, E или F в первой колонке, и необходимо использовать grep, затем:
dfrm[ grep("^[ACEF]$", dfrm[,1]), ]
Если эти письма были rownames затем использовать rownames(dfrm) вместо dfrm[,1]
Чтобы создать новый объект:
newobj <- dfrm[ grep("^[ACEF]$", dfrm[,1]), ]
Чтобы Ваш комментарий: Для того, чтобы сохранить в качестве объекта R позже load в сессию:
save(newobj , file='newobj_file.rda')
Чтобы сохранить в виде текстового файла:
write.table(newobj, file='newobj_out.txt')
Подробнее см. В таблице для записи. Для получения дополнительной информации об этом и см. Руководство по импорту/экспорту для получения большего количества фона. Это часть вашей установки R. Используйте свои справочные службы. На моей машине он находится в каталогах R как: .... /doc/manual/R-data.html
Спасибо! Мне нужен еще один шаг для подписок, сохраненных в файле. – Ivan
Вы имеете в виду, что вам нужен пример того, как создать новый объект с этим результатом?'newobj <- dfrm [grep ("^[ACEF] $ ", dfrm [, 1]),]' –
Нет, я имею в виду «^ [ACEF] $» - фактически вектор из другого файла, который является подмножеством colnames of dfrm. Благодаря! – Ivan
Спасибо DWin и csgillespie! Трюк - это вектор, на который я должен обратить больше внимания.
>dfrm
A 1 3 4
B 4 5 6
C 7 8 9
D 1 3 4
E 1 3 3
F 2 4 5
и мой список интерес сохраняется в файле
subset <-read.table("infile", header=F)
>subset
1 A
2 C
3 E
4 F
> dfrm[rownames(dfrm) %in% subset[,1], ]
A 1 3 4
C 7 8 9
E 1 3 3
F 2 4 5
Я должен был знать, что подмножество является кадр данных, тоже. Подмножество [, 1] сыграло трюк. Спасибо, csgillespie!
Спасибо! Я хочу пойти еще на один шаг, так как dataframe - это 128 столбцов с 105k строк (128 x 105k), а мой идентификатор rownames - 3500, сохраненный в другом файле «subsetID.txt». Как получить подмножество фрейма данных? Еще раз спасибо! – Ivan
Пожелание есть способ объединить все ответы вместе! Я пытался grep вектор/столбец из другого файла, который является подмножеством кодовых имен моего фрейма. подмножество <-read.table ("list.tab", header = F) dfrm [grepl (subset [, 1], dfrm [, 1]),] Но не прошел. Любая подсказка? Еще раз спасибо! – Ivan