Глобальная загрузка R-библиотек в Snakemake

Question

В настоящее время я строю свой конвейер NGS, используя Snakemake, и у вас есть проблема с загрузкой R-библиотек. Некоторые из сценариев, которые мои правила называют, требуют загрузки R-библиотек. Поскольку я не нашел возможности для их полной загрузки, они загружаются внутри R-скриптов, что, конечно же, является избыточным вычислительным временем, когда я запускаю один и тот же набор правил для нескольких отдельных входных файлов.

Есть ли способ сохранить один сеанс R для выполнения нескольких правил и загрузить все необходимые библиотеки раньше?

Приветствия, zuup

Answer 1

Боюсь, что нет. Это связано с тем, что (a) локальные системы (обход Python GIL) и (б) кластерные системы (планирование для отдельных узлов). Даже если на локальных машинах было решение, необходимо будет следить за тем, чтобы между параллельными заданиями не было сеансов. Если вам действительно нужно безопасно в это время, я предлагаю объединить эти сценарии.