Это немного процесса, и один, который я до сих пор работаю через себя, но я получил это работает, так что ...
сам CKEditor не имеет загрузчик, поэтому в первую очередь вам нужно выяснить, что вы собираетесь использовать для выполнения этой работы. В итоге я решил использовать компонент filemanager из FCKEditor, потому что для его настройки есть действительно отличный проход.
Прогулка здесь: http://www.mixedwaves.com/2010/02/integrating-fckeditor-filemanager-in-ckeditor/
Она написана для PHP, но это достаточно легко выполнить для эквивалентного .Net. Одно слово предупреждения, однако, вам нужно будет получить FCKEditor.dll и установить его в каталог bin, иначе вы получите сообщение об ошибке.