Изображения, созданные в микроскопе, которые мы используем в нашей лаборатории, не имеют шкалы шкалы. Могу ли я использовать информацию, хранящуюся на самом изображении/информации самого микроскопа, чтобы правильно установить масштаб и преобразовать пиксели в нм? Я загрузил плагин под названием «шкала микроскопа», но я не понимаю, как его использовать. спасибо!Фиджи: как я могу использовать информацию изображения, чтобы установить масштаб?
Чтение описания Microscope Scale plugin похоже, что вам нужно вручную отредактировать исходный код плагина, чтобы установить масштаб для ваших данных.
Вместо этого я бы предложил использовать Bio-Formats Importer, чтобы открыть ваши данные, так как у него есть хорошая возможность считывать значения калибровки непосредственно с ваших изображений (если они были сохранены микроскопом).
Если Bio-Formats не работает, вы можете вручную установить масштаб, используя Spatial Calibration plugin, снабженный Fiji, для преобразования пикселей в нм.
Спасибо, что нашли время ответить! Я все посмотрю. –
Привет, hinerm и все, я пробовал плагин Bio-Formats Importer, но все же существует несогласованность между значениями длины, показанными в раннем окне «Все пути», и в более позднем окне (открывшемся после выполнения «анализа» скелета «). Хотел бы я добавить фотографию, надеюсь, я поняла. –
Если информация о калибровке была неправильной при открытии с помощью Bio-Formats, она, вероятно, не записывается в метаданные вашего изображения (или написана неправильно). Если вы знаете, какими должны быть значения калибровочных данных, попробуйте использовать команду «Установить масштаб ...» в меню «Анализ». Если это не сработает, возможно, вам повезло отправить рассылку ImageJ (http://imagej.net/Mailing_Lists) – hinerm