Множественный факторный анализ (MFA) с R с использованием FactoMineR

Question

У меня возникла проблема с MFA в FactoMineR. Я работаю с набором данных, содержащим физические, химические и микробиологические непрерывные переменные, измеренные в растениях томатов, взятых из двух разных обработок и в 3 временных точках. Я размещены мои данные, как это:

structure(list(row.names = structure(c(1L, 4L, 7L, 10L, 13L, 
16L), .Label = c("GBA1", "GBA2", "GBA3", "GBB1", "GBB2", "GBB3", 
"GBC1", "GBC2", "GBC3", "GBD1", "GBD2", "GBD3", "GBE1", "GBE2", 
"GBE3", "RWA1", "RWA2", "RWA3", "RWB1", "RWB2", "RWB3", "RWC1", 
"RWC2", "RWC3", "RWD1", "RWD2", "RWD3", "RWE1", "RWE2", "RWE3", 
"RWF1", "RWF2", "RWF3", "RWG1", "RWG2", "RWG3", "RWH1", "RWH2", 
"RWH3", "RWI1", "RWI2", "RWI3", "RWJ1", "RWJ2", "RWJ3"), class = "factor"), 
    Trt = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L), .Label = c("Mineral", 
    "Organic"), class = "factor"), Status = structure(c(1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("H", "S"), class = "factor"), 
    Humidity = c(87.21704394, 80.29885961, 65.68047337, 85.9775641, 
    83.33333333, 85.98568282), pH = c(5.44, 5.94, 6.64, 6.19, 
    6.13, 5.45), Conductivity = c(837L, 867L, 752L, 871L, 699L, 
    406L), Nit.N = c(436.18, 433.92, 418.1, 458.78, 411.32, 167.24 
    ), Ammonia.N = c(3.8122, 2.6452, 1.945, 1.7116, 2.4896, 7.16 
    ), P = c(30.95, 15.2, 20.15, 16.1, 18.35, 48.2), K = c(135, 
    35, 95, 40, 145, 275), Ca = c(1287.5, 1427.5, 1610, 1570, 
    1640, 130), Mg = c(367.5, 575, 537.5, 532.5, 590, 42.5), 
    S = c(705L, 924L, 603L, 962L, 626L, 111L), Sodium = c(92.5, 
    170, 135, 127.5, 137.5, 35), Chlorides = c(15.1, 11.1, 15.4, 
    13.2, 13.8, 10.8), Fe = c(1.5, 2.2, 1.7, 2, 2.1, 3.1), Mn = c(1.1, 
    0.55, 0.7, 0.4, 0.65, 1.9), Rhizobium = c(0, 0, 0, 0, 0, 
    0), Total.bacteria = c(7207207.207, 5454545.455, 22727272.73, 
    18918918.92, 30630630.63, 64864864.86)), .Names = c("row.names", 
"Trt", "Status", "Humidity", "pH", "Conductivity", "Nit.N", "Ammonia.N", 
"P", "K", "Ca", "Mg", "S", "Sodium", "Chlorides", "Fe", "Mn", 
"Rhizobium", "Total.bacteria"), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame") 

Я разделил переменные в категориальной (первые 2), то другой 16 являются непрерывными. Тем не менее, я хочу отдельно рассматривать 2 категориальных переменных. Поэтому я написал следующий код:

>res <- MFA(Oliver, group=c(1,1,3,11,2), type=c("n", "n","s", "s","s"),ncp=5,name.group=c("Sub","Stat", "Phys", "Chem", "Microbial")) 

Однако, похоже, что это не сработало. Таким образом, я попытался следующие:

>res=MFA(Oliver,group=c(2,16),type=c(rep("n",1),rep("s",1)),ncp=5,name.group=c("cat","cont")) 

и это другое:

>res=MFA(Oliver,group=c(2, 3, 11,2),type=c(rep("n",1),rep("s",3)), ncp=5,name.group=c("type","Phys", "Chem", "Microbial")) 

Но я все та же проблема ("не удобно определения группы"). Есть ли что-нибудь, что я могу сделать, чтобы сохранить две 2 категориальные группы отдельно? Я был бы очень признателен за ваш совет о том, как правильно запустить модель!

С наилучшими пожеланиями,

Эмма

Answer 1

Я думаю, что проблема исходит от вашего переменного состояния, которое не является переменным, так как все значения равны «H». Поэтому никакого анализа с этой «переменной» не следует. Вы можете его подавить, в этой колонке нет информации. И тогда это должно сработать.

Francois