Java и, таким образом, Clojure не вообще имеет идею глобально установленные библиотеки. Вы всегда должны создавать classpath с минимальным набором зависимостей. Вам нужно как-то указать и управлять этим классом, и самый простой способ сделать это - с leiningen, для которого требуется проект.
leiningen автоматизирует процесс извлечения удаленных библиотек и размещения их в локальном репозитории, который несколько похож на установку gem, но эти библиотеки не становятся автоматически доступными для REPL.
Самый простой способ иметь набор библиотек, которые всегда доступны, - это проект «нуля», который вы используете для экспериментов REPL перед началом нового проекта. Это не слишком много накладных расходов.