Выберите подключенный объект из маски в ImageJ

Question

Я хотел бы использовать Fiji (ImageJ) для некоторой простой операции предварительной обработки и создать двоичную маску. Я просто использую GUI, и меня не интересует автономическая процедура. я получил следующую маску: (это только кусочек, фактическая маска 3 D, 298 MB)

Мне нужно извлечь 3D подключен объект, так что результат будет:

в идеале я хотел бы щелкнуть внутри точки внутри объекта с 3D эквивалентом инструмента Wand, выберите объект, инвертировать выделение, умножать на 0. для начала, я пытался использовать команда Analyze - 3D-объекты Counter, но я думаю, что изображение слишком велико и comp lex (операция замерзает на шаге 2. Подключение объектов). Есть ли какая-то процедура, которой я могу следовать?

Answer 1

На Фиджи вы можете сделать следующее:

1. инвертировать изображение с Edit > Invert.
2. Выберите инструмент выбора точек с панели инструментов Fiji.
3. Нажмите в регионе, в котором вы хотите извлечь связанные белые пиксели, чтобы разместить там выбор точки.
4. Пробег Plugins > Process > Find Connected Regions.
5. Выбрать Start from point selection? и изменить Stop after this number of regions are found на 1.
6. Нажмите OK.

some documentation for that plugin (о котором я писал давно). Он использует очень наивный алгоритм поиска связанных областей, но он достаточно хорош для многих целей.