Зацикливание файлов в папке для сценария оболочки с несколькими входами

Question

Задание нескольких входов для инструмента командной строки?

Я новичок в bash, и я хочу скомпоновать программу командной строки над папкой, содержащей многочисленные файлы.

Скрипт принимает два входных файлов (в моем случае, они отличаются в одном поле имени файла («... R1„против“... R2»). Запуск одного экземпляра из инструмент выглядит следующим образом:

tool_name infile1 infile2 -o outfile_suffix 

Фактический пример:

casper sample_name_R1_001.out.fastq sample_name_R2_001.out.fastq -o sample_name_merged 

формат файла имя:

DCP-5102 137. -T1A3_S33_L001_R1_001.fastq
DCP-5102 137. -T1A3_S33_L001_R2_001.fastq

поле жирным шрифтом будет варьироваться между различными парами (например, 2000, 2110 , 5100 и т. Д.) С каждой парой, отличающейся либо R1, либо R2.

Я хотел бы знать, как заколить скрипт через папку, содержащую множество пар совпадающих файлов, а также убедиться, что на выходе (-o) появляется суффикс 'sample_name'.

Я знаком с базовым for file in ./*.*; do ... $file...; done, но это явно не сработает для этого примера. Мы ценим любые предложения!

Answer 1

Вы хотите петлю над R1-х и вывести R2 и слил-имена файлов из этого что-то вроде:

for file1 in ./*R1*; do 
    file2=${file1/R1/R2} 
    merge=${file1#*R1}_merged 
    casper ${file1} ${file2} -o ${merge} 
done 

Примечание: Markdown показывает на #*R1}_merged в качестве комментария - это не