На мой взгляд, у вас есть два законных варианта - Econnect через GP Web Services или Econnect через SQL хранимых процедур. Я бы не стал использовать Integration Manager, поскольку он не может быть автоматизирован и требует, чтобы кто-то заходил в Dynamics GP перед его использованием.
Наиболее простой точкой интеграции является вызов eConnect SQL хранимых процедур непосредственно на уровне базы данных. Для каждого объекта интеграции eConnect существует соответствующая SQL-хранимая процедура. Вы просто вызываете процедуру и передаете ей правильные значения в свой параметр. Например, создание счета в Dynamics GP может быть выполнено путем вызова процедур для создания заголовков, строк и распределений SOP Document.
С другой стороны, если вы готовы потратить немного дополнительного времени на установку веб-служб GP, тогда вы можете интегрироваться с этим и поддерживать сервис-ориентированную архитектуру. Большинство таких функций доступны через веб-службы, но это набор функций, доступных в процедурах eConnect. В свою очередь, вы получаете все преимущества архитектуры SOA.
В конечном счете это зависит от ваших планов по общей архитектуре в вашей среде. Любой из этих методов должен хорошо работать для ваших требований. Если это единственная интеграция в GP, я мог бы выбрать более простой метод хранимых процедур eConnect. Если вы планируете интегрировать другие приложения в Dynamics GP, вы можете потратить время на инвестиции в использование сервисов.