2014-12-20 2 views
-1

Структура FASTA файла, как это:Как удалить первую строку из файла fasta?

>gi|568815364|ref|NT_077402.3| Homo sapiens chromosome 1 genomic scaffold, GRCh38 Primary Assembly HSCHR1_CTG1 
TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC 
CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAA 
CCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCT 
AACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA 
ACCCTAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACC 

Первая строка некоторую информацию о содержании файла и отдыха линии цепь ДНК, РНК или аминокислоты. Чтобы выполнить некоторую работу с этим файлом, мне нужно удалить первую строку файла. Как я могу это сделать с помощью python? Я попробовал этот код, но его не подходит:

My_string=open("SimpleFastaFile.fa", "r").read() 
def line_remove(str): 
    if str.isalnum()==False: 
     str=str[1:] 
     line_remove(str) 

line_remove(My_string) 
+0

используется biopython. В противном случае это домашнее задание. – simonzack

+0

Как я могу это использовать? –

ответ

-2

Если вам нужно все содержимое файла, то почему бы не прочитать все строки сразу и сразу порезать прочь первую линию?

with open('path','r') as f: 
    content = f.readlines()[1:] 
output="".join(content) 
+0

Он преобразует файл в список строк, я хочу, чтобы он как строка окончательно –

+0

См. Мое редактирование @StackUnderFlow – Malhelo

+0

Его работа. Спасибо –

0

вы можете использовать next к расширенному указателю nextline:

my_string = open("SimpleFsastaFile.fa", "r") 
next(my_string)     # advanced file pointer to next line 
my_string.read() 
+0

почему downvote ??? дайте причину – Hackaholic

+0

Я не спустил вас вниз, но вы можете захотеть проверить имена переменных в следующий раз. – Malhelo