Эффективно найти смежные значения в векторе

Question

У меня есть кадр данных R с вектором чисел, представляющих положения вдоль хромосомы и вектора имен генов. У меня также есть вектор стартовых позиций интересных элементов на этой хромосоме. Я хотел бы извлечь имена и позиции из трех ближайших генов как над, так и под каждым элементом, и мне интересно, как это сделать.

Например:

genes <- data.frame("geneStart"=sort(sample(500,10)), "geneName"=sample(LETTERS,10)) 
genes 
    geneStart geneName 
1   66  X 
2  158  U 
3  262  N 
4  385  D 
5  387  H 
6  418  Z 
7  464  J 
8  469  Y 
9  475  L 
10  491  I 

Я хочу, чтобы в конечном итоге с помощью функции, давайте называть его getAdjacent, например, так:

getAdjacent(280) 
[1] "X" "U" "N" "D" "H" "Z" 
getAdjacent(479) 
[1] "J" "Y" "L" "I" NA NA 

Answer 1

Использование findInterval:

getAdjacent <- function(x) { 
    idx  <- findInterval(x, genes$geneStart) 
    range.idx <- (idx-2):(idx+3) 
    range.idx <- ifelse(range.idx <= 0, NA, range.idx) 
    as.character(genes$geneName)[range.idx] 
} 

Вы могли бы должны отрегулировать поведение, если x относится к genes$geneStart в зависимости от ваших предпочтений.

Answer 2

Моя версия:

getAdjacent <-function(x){ 
ind <-which(abs(genes[,1]-x)==min(abs(genes[,1]-x))) #which row is closest 
out <-genes[max(1,ind-3):min(nrow(genes),ind+2),2] #indexed for closest match 
return(as.character(out)) 
}