я пытаюсь загрузить несколько файлов в папку, а затем читать их обратно в RКак загрузить несколько файлов прямо в папку?

Я первый набор мой каталог в определенной папке первый HTTP является основной линией и URL'ы, являются файлы, которые должны быть скачать ,

main_url <- "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP038/SRP038101/" 
urls <- paste(main_url,c("SRR1171523/SRR1171523.sra","SRR1171524/SRR1171524.sra","SRR1171525/SRR1171525.sra","SRR1171526/SRR1171526.sra", "SRR1171527/SRR1171527.sra", "SRR1171528/SRR1171528.sra"), sep = "")

2015-03-13 Anonymous

Вы могли бы продолжить, как показано ниже ...

Urls

main_url <- 
    "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP038/SRP038101/" 

urls <- 
    paste(main_url, 
      c("SRR1171523/SRR1171523.sra", 
      "SRR1171524/SRR1171524.sra", 
      "SRR1171525/SRR1171525.sra", 
      "SRR1171526/SRR1171526.sra", 
      "SRR1171527/SRR1171527.sra", 
      "SRR1171528/SRR1171528.sra"), 
      sep = "")

Скачать файлы

for(i in seq_along(urls)){ 

    download.file(urls[i], paste0("file_0", i, ".html")) 
}

... и не только прочитать загруженные файлы в R.

источник

2015-03-13 13:04:38

вы должны использовать это URLS <- паста (main_url, с ("SRR1171523/SRR1171523.sra", "SRR1171524/SRR1171524.sra", "SRR1171525/SRR1171525.sra "," SRR1171526/SRR1171526.sra "," SRR1171527/SRR1171527.sra "," SRR1171528/SRR1171528.sra "), sep =" ") –

main_url <- "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP038/SRP038101/" 
urls <- paste(main_url,c("SRR1171523/SRR1171523.sra","SRR1171524/SRR1171524.sra","SRR1171525/SRR1171525.sra","SRR1171526/SRR1171526.sra", "SRR1171527/SRR1171527.sra", "SRR1171528/SRR1171528.sra"), sep = "") 

for(i in seq_along(urls)) { 
    tmp <- readLines(file(urls[i],open = "r")) 
    writeLines(text = tmp, con = paste0("url",1,".sra")) 
} 

# Reading them back 
flist <- list() 
for(fname in list.files()) { 
    flist[[fname]] <- readLines(file(fname, open="r")) 
}

источник

2015-03-13 13:06:14

Хотя, как сказал Миха, я получил ошибки« 404 Not Found »для ваши URL. –

Я думаю, это потому, что данные большие. поэтому лучше всего скачать их один за другим! потому что я могу загрузить их с уродливым способом :-D –

О? А контент - это нечто иное, чем ошибка 404? Причина даже в моем браузере дает такую ошибку (хотя пользовательская) ... –

Безобразная способ загрузить их следующим образом

url1 <- "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP038/SRP038101/SRR1171523/SRR1171523.sra" 
url2 <- "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP038/SRP038101/SRR1171524/SRR1171524.sra" 
url3 <- "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP038/SRP038101/SRR1171525/SRR1171525.sra" 
url4 <- "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP038/SRP038101/SRR1171526/SRR1171526.sra 
url5 <- "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP038/SRP038101/SRR1171527/SRR1171527.sra 
url6 <- "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP038/SRP038101/SRR1171528/SRR1171528.sra 


download.file(url1, "SRR1171523.sra") 
download.file(url2, "SRR1171524.sra") 
download.file(url3, "SRR1171525.sra") 
download.file(url4, "SRR1171526.sra") 
download.file(url5, "SRR1171527.sra") 
download.file(url6, "SRR1171528.sra")

источник

2015-03-13 13:07:41

Как загрузить несколько файлов прямо в папку?

ответ

Urls

Скачать файлы

Смежные вопросы