Ошибка при принятии SummarizedExperiment

Question

Я хочу сделать SummarizedExperiment, У меня есть таблица счета в этом формате в FeatureCount.txt

  SRR1554537 SRR1554538 SRR1554541 SRR1554535 SRR1554536 SRR1554539 
1/2-SBSRNA4  39 66   72    23   16  7 
A1BG    221 113  226   146    36 126 
A1BG-AS1   393 296  527   276   39 258 
A1CF     8 7   5    1    0 4 
A2LD1    97 208  171    181    72 110 

У меня есть фенотип данные в этом формате:

   SampleName RUN Age sex tissue disease 
SRR1554537 R3452_DLPFC_polyA_RNAseq_total SRR1554537 -0.384 female DLPFC control 
SRR1554538 R3462_DLPFC_polyA_RNAseq_total SRR1554538 -0.4027 female DLPFC control 
SRR1554541 R3485_DLPFC_polyA_RNAseq_total SRR1554541 -0.3836 male DLPFC control 
SRR1554535 R2869_DLPFC_polyA_RNAseq_total SRR1554535 41.58 male DLPFC control 
SRR1554536 R3098_DLPFC_polyA_RNAseq_total SRR1554536 44.17 female DLPFC control 
SRR1554539 R3467_DLPFC_polyA_RNAseq_total SRR1554539 36.5 female DLPFC control 

Вот мой код:

count_feature <- as.matrix(read.table("featureCount.txt", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)) 
phenoData <- read.csv("Pheno_Data.csv", header = TRUE) 
col_data <- DataFrame(phenoData) 

row_data <- relist(GRanges(), vector("list", length= nrow(count_feature))) 
mcols(row_data) <- rownames(count_feature) 

Brain_Es <- SummarizedExperiment(assays = list(feature_Count= feature_Count), rowRanges = row_data, colData = col_data) 

Ошибка в rownames<- (*tmp*, значение = с ("X", "SRR1554537", "SRR1554538",: недействительные rownames длина

Можете ли вы объяснить ошибку?

Answer 1

Я не понимаю, что вы пытаетесь сделать с row_data, но это явно не работает. У вас уже есть имена генов из таблицы счетчиков. Почему бы не сделать

Brain_Es <- SummarizedExperiment(assays = list(counts = count_feature), colData = col_data, rowData = rownames(count_feature)); 

Посмотрите ?SummarizedExperiment, и в приведенных примерах here в разделе «Построение SummarizedExperiment».