Лазанья участки в R

Question

Я читал около Lasagna plots в R. В приложении к документу в ссылке авторы имеют много кода для реализации этих графиков. Но это pdf, и я не могу копировать в RStudio (по крайней мере, я не понял, как). Кто-нибудь сделал это в пакете или кто-нибудь имеет код в более удобном для использования формате?

Answer 1

Лазаньские участки кажутся ровно теплыми картами, хотя название симпатично. Карты тепла хорошо нанесены в других упаковках. Рассмотрим первую примерную диаграмму в коде, обозначенном Карлом Виттофтом. Вы можете воспроизвести его в ggplot, как это:

## Create the data 
palette <- brewer.pal(4, "PuOr")[-2] 
## the matrix containing data for Figure 02a 
H.mat <- matrix(NA, nrow=4, ncol=6) 
H.mat[1, 1:6] = 100*c(2, 1, 1, 1, 1, 2) 
H.mat[2, 1:6] = 100*c(2, 2, 2, 3, 2, 1) 
H.mat[3, 1:6] = 100*c(2, 2, 1, 1, 1, 3) 
H.mat[4, 1:6] = 100*c(3, 3, 2, 1, 2, 3) 

library(ggplot2) 
library(reshape2) 
rownames(H.mat)<-c('P1','T1','P2','T2') 
colnames(H.mat)<-seq(ncol(H.mat)) 
names(dimnames(H.mat))<-c('Subject','Time') 
H.df<-melt(H.mat) 

В зависимости от того, что вы хотите, вы можете получить различные типы окраски.

# For continuous values. 
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=value)) + geom_tile(colour='black') 

# If you consider the value to be categorical. 
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=factor(value))) + 
    geom_tile(colour='black') 

# If you want those exact colours the author used: 
col<-palette[match(ordered(H.df$value),levels(ordered(H.df$value)))] 
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=col)) + 
    geom_tile(colour='black') + scale_fill_identity() 

Answer 2

Чтобы ответить на актуальный вопрос: код в документ в формате PDF здесь: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2937254/bin/NIHMS225391-supplement-1.pdf

И я легко выбрать код в Adobe Reader и копировать/вставить его в текстовый документ.

Answer 3

После многих лет, была начата GitHub репо на основе nograpes ответа.

https://github.com/swihart/lasagnar