Как избежать печати/отображения сообщений

Question

этот вопрос задан раньше, но ответы на них не работают.

Я пользуюсь библиотекой rhdf5 с bioconductor.org для чтения файлов HDF5: source ("http://bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite ("rhdf5"); библиотека (rhdf5);

Когда я использую функцию h5read читать некоторые переменные, которые содержат ссылки на следующее предупреждение выводится сообщение:

«Предупреждение. H5read для типа„ССЫЛКА“еще не реализованы ценности заменены NA-х»

(не отображается красным цветом, как ошибки и предупреждения в RStudio. Просто в черном)

предупреждение хорошо для меня, поскольку я не нужны эти ре ференции. Но я использую эту функцию для чтения сотен переменных, поэтому мой экран загрязняется этими сообщениями. Например:

a <-h5read(f, "/#Link2#") 
Warning: h5read for type 'REFERENCE' not yet implemented. Values replaced by NA's 
Warning: h5read for type 'REFERENCE' not yet implemented. Values replaced by NA's 

Я попытался все предложения, которые я нашел (capture.output, suppressMessage/Предупреждение, раковина, опции (предостерегают, max.print, show.error.messages):

1. capture.output(a <- h5read(f, "/#Link2#"), file='/dev/null')
2. Я также попытался невидим только в случае, если: invisible(capture.output(a <- h5read(f, "/#Link2#"), file='/dev/null'))
3. suppressWarnings(suppressMessages(a <- h5read(f, "/#Link2#")))
4. Я также попытался suppressForeignCheck и suppressPackageStartupMessages только в случае
5. {sink("/dev/null"); a <-h5read(f, "/#Link2#"); sink()}
6. {options(warn=-1, max.print=1,show.error.messages=FALSE); a <-h5read(f, "/#Link2#") }

Все они продолжать производить те же предупреждающие сообщения.

Кто-нибудь знает какие-либо другие вещи, которые я могу попробовать, или почему эти вещи не работают?

Как библиотеке удается распечатать сообщения, пропускающие все это? Звучит, что я мог бы что-то делать неправильно ...

Любая помощь приветствуется.

Подобно тому, как ссылки эти другие должности, которые я использовал:

• r: do not show warnings
• How to suppress warnings globally in an R Script
• suppress messages displayed by "print" instead of "message" or "warning" in R
• Suppress one command's output in R

Answer 1

Вы должны спросить maintainer("rhdf5") предоставить решение - печатать сообщение реже и используйте стандартные предупреждения R - сообщение от C code и использует printf(), а не Rf_warning() или Rf_ShowMessage() или Rprintf()/REprintf().

Вот иллюстрация проблемы

> library(inline) 
> fun = cfunction(character(), 'printf("hello world\\n"); return R_NilValue;') 
> fun() 
hello world 
NULL 
> sink("/dev/null"); fun(); sink() 
hello world 
> 

и решение - использовать Rf_warning() для генерации предупреждений R. В этом примере также показано, как запись в выходной поток R через Rprintf() позволит разрешить вывод вывода с приемником.

> fun = cfunction(character(), 'Rf_warning("hello world"); return R_NilValue;') 
> x = fun() 
Warning message: 
In fun() : hello world 
> x = suppressWarnings(fun()) 
> fun = cfunction(character(), 'Rprintf("hello world\\n"); return R_NilValue;') 
> sink("/dev/null"); fun(); sink() 
> 

Ничего из этого не поможет вам, хотя!

UPDATE сопровождающий обновил код в ветке «devel» пакета, версия 2.17.2.