Все системы контроля версий лучше справляются с ветвями, которые сходятся.
Один из подходов заключается в том, чтобы основать «производство» от ветви «развития» и только слить изменения в направлении «разработка -> производство». Таким образом, все файлы приватной конфигурации остаются только в «производстве».
Однако, по моему опыту, в долгосрочной перспективе это может быть довольно болезненным, потому что вы неизбежно захотите объединить вещи от производства до развития. Есть способы сделать это, но они, как правило, раздражают: они связаны либо с промежуточными ветвями, либо с обратными изменениями.
Лучшим решением является перемещение всех файлов, связанных с производством, из дерева, поэтому вам не придется иметь дело с параллельными расходящимися ветвями вообще. Это также хорошая практика проектирования, независимо от проблем VCS.
Вы уверены, что контроль версий - это правильный инструмент для этого? У вас должен быть (другой) инструмент распространения, который настраивает ваш пакет для распространения. Например, если вы используете систему сборки GNU, тогда «make dist» создает ваш дистрибутив. Контроль версий не задействован. –