Проблемы с установкой пакетов R на Linux Mint 18.1

Question

Итак, я пытаюсь установить пакеты Shiny и Devtools R, но я столкнулся с такой же ошибкой, как и ниже: независимо от того, какой пакет он всегда имеет non-zero exit и включает сообщение об ошибке «unknown: имя неизвестного типа FILE». Ниже приведен пример. Для записи я уже запускал команды обновления и обновления apt-get, пытался переустановить R и RStudio и т. Д., Но я продолжаю сталкиваться с этой проблемой.

Вот мой /etc/apt/sources.list:

#deb cdrom:[Linux Mint 18.1 _Serena_ - Release amd64 20161213]/ xenial contrib main non-free 
deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/ 
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/ 

Я застрял на этом, кто может помочь мне понять, что нужно сделать, чтобы получить эти пакеты R правильно установить? Мне не удавалось пробовать его через IDE RStudio или через CLI ... что здесь отсутствует ?????

install.packages("tibble") 
Installing package into ‘/home/lennys/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
also installing the dependency ‘lazyeval’ 

trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/lazyeval_0.2.0.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 317272 bytes (309 KB) 
================================================== 
downloaded 309 KB 

trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/tibble_1.2.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 54517 bytes (53 KB) 
================================================== 
downloaded 53 KB 

* installing *source* package ‘lazyeval’ ... 
** package ‘lazyeval’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c expr.c -o expr.o 
In file included from expr.c:3:0: 
/usr/share/R/include/Rinternals.h:1042:48: error: unknown type name ‘FILE’ 
void R_InitFileInPStream(R_inpstream_t stream, FILE *fp, 
               ^
/usr/share/R/include/Rinternals.h:1045:50: error: unknown type name ‘FILE’ 
void R_InitFileOutPStream(R_outpstream_t stream, FILE *fp, 
               ^
/usr/lib/R/etc/Makeconf:132: recipe for target 'expr.o' failed 
make: *** [expr.o] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘lazyeval’ 
* removing ‘/home/lennys/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/lazyeval’ 
ERROR: dependency ‘lazyeval’ is not available for package ‘tibble’ 
* removing ‘/home/lennys/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/tibble’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpvLx4dw/downloaded_packages’ 
Warning messages: 
1: In install.packages("tibble") : 
    installation of package ‘lazyeval’ had non-zero exit status 
2: In install.packages("tibble") : 
    installation of package ‘tibble’ had non-zero exit status 
> 

Немного больше информации: Я пытался это выработать, все еще не получилось. Я продолжаю видеть этот раз, хотя:

In file included from print_stderr.c:2:0: 
/usr/share/R/include/Rinternals.h:1042:48: error: unknown type name ‘FILE’ 
void R_InitFileInPStream(R_inpstream_t stream, FILE *fp, 
               ^
/usr/share/R/include/Rinternals.h:1045:50: error: unknown type name ‘FILE’ 
void R_InitFileOutPStream(R_outpstream_t stream, FILE *fp, 

Answer 1

У меня нет ответа, но я могу только сказать, что

• CRAN тесты на Debian и Fedora, и это, конечно, он там работает
• Потерянная из людей использовать Ubuntu, Майкл строит> 3k пакеты через его PPA
• Может Mint изменил библиотеки по умолчанию
• FILE что-то очень простой старый C, что действительно должно быть известно
• Ваш отчет не хватает деталей, как мы не можем сказать, что компилятор, какие Libc ... вы используете

Затем снова, первые вещи первой: у вас есть пакет r-base-dev установлен, который обеспечивает связка других зависимостей встречается?

Наконец, журнал с моей Ubuntu 16.10 ноутбука:

edd@brad:~$ install.r tibble 
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/tibble_1.2.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 54517 bytes (53 KB) 
================================================== 
downloaded 53 KB 

* installing *source* package ‘tibble’ ... 
** package ‘tibble’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" -fpic -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -march=native -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o 
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" -fpic -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -march=native -c matrixToDataFrame.cpp -o matrixToDataFrame.o 
g++ -Wl,-S -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o tibble.so RcppExports.o matrixToDataFrame.o -L/usr/lib/R/lib -lR 
installing to /usr/local/lib/R/site-library/tibble/libs 
** R 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** installing vignettes 
** testing if installed package can be loaded 
* DONE (tibble) 

The downloaded source packages are in 
     ‘/tmp/downloaded_packages’ 
edd@brad:~$ 

Стандартный совет: возможно задать на г-сиг-DEBiAN другие пользователи Mint подстерегают там.

Answer 2

Я делал это достаточно долго, чтобы знать, что если бы я хотел установить RStudio & R, тогда лучше проверить и узнать, как это сделать заранее. Поэтому я не был удивлен, когда запрос (ubuntu mint 16.10 rstudio install apt-get) не возвращал ничего похожего на полезный ответ. Итак, я провел расследование и сумел наткнуться на следующие URL-адреса, которые сформулировали проблему, и описать решение командной строки, чтобы заставить все функционировать и работать.

Если это было исправлено, это было бы здорово, но я считаю, что, поскольку присущие Yak Shaving (http://sethgodin.typepad.com/seths_blog/2005/03/dont_shave_that.html) уровни SNAFU являются такими, какими они являются с неработоспособностью Ubuntu v16.04 до v16.10, что эти исправления описания по-прежнему жизнеспособны и, вероятно, действуют как довольно хороший шаблон для исправления идентично сломанных других пакетов.

• Установка RStudio на Ubuntu 16.10 (https://mikewilliamson.wordpress.com/2016/11/14/installing-r-studio-on-ubuntu-16-10/)
• RStudio установить на Ubuntu 16.10 терпит неудачу из-за libgstreamer (RStudio install on Ubuntu 16.10 fails due to libgstreamer)

Приветствия, odoncaoa

Answer 3

Я бегу Mint 18.1, и только что установили R с:

sudo apt-get install r-base r-base-dev 

(я предполагаю, что просто «r- база-DEV»было достаточно)

Как некорневой пользователь, то я начал r и напечатал:.

install.packages('tibble') 

Он спросил зеркало, и я выбрал географически близкий, и он спросил, хочу ли я создать локальный репозиторий (а не общесистемный), и я сказал «да».

Мой выход тогда отличается от вашей:

also installing the dependencies ‘rlang’, ‘Rcpp’ 

trying URL 'https://cran.ma.imperial.ac.uk/src/contrib/rlang_0.1.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 201419 bytes (196 KB) 
================================================== 
downloaded 196 KB 

trying URL 'https://cran.ma.imperial.ac.uk/src/contrib/Rcpp_0.12.11.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 2485092 bytes (2.4 MB) 
================================================== 
downloaded 2.4 MB 

trying URL 'https://cran.ma.imperial.ac.uk/src/contrib/tibble_1.3.3.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 91511 bytes (89 KB) 
================================================== 
downloaded 89 KB 

Т.е. tibble - это версия 1.3.3, а не 1.2, а rcpp и rlang - зависимости, а не lazyeval. Но я сомневаюсь, что это связано с сообщением об ошибке, которое вы получаете, и больше связано с чем-то, что изменилось с февраля по июнь.

Я вижу из другого ответа, что вы отказались и переустановили ОС (различия Mint/Ubuntu не будут вызывать ошибки, которые вы видите). Я подозреваю, что менее решительным решением было бы удалить r и переустановить, убедившись, что это был «r-base-dev», который вы устанавливали. И если это продолжалось, чтобы удалить и переустановить «gcc», так как жалобы о FILE являются признаком того, что установка компилятора C серьезно запутана.