Если вы скопируете файлы в папку проекта через Finder (или проводник Windows), по умолчанию вам необходимо обновить Eclipse, чтобы синхронизировать его с базовой файловой системой. Кроме того, вы можете избежать копирования файлов в проект за пределами Eclipse и вместо этого использовать Eclipse Navigator (аналогично Finder) или представлениям Package Explorer - вы можете перетащить из файловой системы и, например, перейти в представление Navigator.
Есть также несколько вариантов обновления в Eclipse> Предпочтения> Общие> Рабочее пространство, которое может помочь автоматически синхронизировать вещи.
Вы «обновили» проект? –
Да, но см. Мой ответ Зову. –
Не зная больше, это будет трудно помочь; вы можете отредактировать свой вопрос, включив в него * текстовое дерево дерева исходных каталогов. –