посмотреть словарь в Python

Question

Так что я файл с несколько строкой, которые выглядят как этот (файл пространство разделителя):

A1BG  P04217  VAR_018369 p.His52Arg  Polymorphism rs893184 - 
A1BG  P04217  VAR_018370 p.His395Arg Polymorphism rs2241788 - 
AAAS  Q9NRG9  VAR_012804 p.Gln15Lys  Disease  -   Achalasia 

Как сделать словарь искать идентификатор во втором столбце и сохранить номер (между словами) на четвертой колонке.

Я попробовал это, но это дает мне индекс затраченных диапазона

lookup = defaultdict(list) 
with open ('humsavar.txt', 'r') as humsavarTxt: 
    for line in csv.reader(humsavarTxt): 
     code = re.match('[a-z](\d+)[a-z]', line[1], re.I) 
     if code: 
      lookup[line[-2]].append(code.group(1)) 

print lookup['P04217'] 

Answer 1

Вот вариант исходного кода:

import csv, re 
from collections import defaultdict 

lookup = defaultdict(list) 
with open('humsavar.txt', 'rb') as humsavarTxt: 
    reader = csv.reader(humsavarTxt, delimiter=" ", skipinitialspace=True) 
    for line in reader: 
     code = re.search(r'(\d+)', line[3]) 
     lookup[line[1]].append(int(code.group(1))) 

который производит

>>> lookup 
defaultdict(<type 'list'>, {'P04217': [52, 395], 'Q9NRG9': [15]}) 
>>> lookup['P04217'] 
[52, 395] 

Answer 2

Если идентификатор и номер всегда во втором и четвертом столбце, и это всегда пространство разграничены вам не нужно использовать регулярные expresion. Вы можете разделить на пространствах вместо:

lookup = defaultdict(list) 
with open ('humsavar.txt', 'r') as humsavarTxt: 
    for line in humsavarTxt: 
     lookup[line.split(' ')[1]].append(line.split(' ')[3]) 

Answer 3

Если вы хотите чистый словарь, это работает:

d={} 
with open(your_file,'rb') as f: 
    for line in f: 
     l=line.split() 
     num=int(re.search(r'(\d+)',l[3]).group(1)) 
     d.setdefault(l[1],[]).append(num) 

Отпечатки:

{'P04217': [52, 395], 'Q9NRG9': [15]} 

Для не решения регулярных выражений, вы можете также сделать это:

d={} 
with open(your_file,'rb') as f: 
    for line in f: 
     els=line.split() 
     num=int(''.join(c for c in els[3] if c.isdigit())) 
     d.setdefault(els[1],[]).append(num)