Прежде всего, давайте получить некоторую терминологию из пути. Свойство «Всегда на вершине», которое вы установили, не является особенностью X11, но является частью стандартного набора так называемых оконных менеджеров «Hints», которые указаны как часть Inter-Client-Communication-Manual и Extended-Window-Manager -Подсказки.
X11 не занимается размещением окон на экране, это то, что делает менеджер окон. В вашей обычной системе X11 вы получаете оконный менеджер, совместимый с ICCCM/EWMH, который контролирует все окна, и все хорошо. Это также работает со всеми видами переадресации, поскольку для сервера X11 не имеет значения, к какому способу подключены клиенты, и все связи между клиентами происходят через сервер X11.
Теперь в вашем случае вы используете Exceed, который является сервером X11, работающим поверх рабочего стола Microsoft Windows. Windows делает все свое управление окнами, и такие вещи, как «Always-On-Top», являются частью политики управления окнами Windows. Однако, поскольку X11 не определяет политику, но только метод любой информации ICCCM/EWMH будет никогда перейти к управлению Windows-окнами. Все Windows видит безликие окна верхнего уровня, созданные Exceed для отдельных клиентов.
Теперь вы можете запустить X11 WM в пределах Exceed, но этот WM тогда живет только в X11, и поскольку X11 не определяет политику, как «Always-On-Top», не имеет возможности сказать Windows, что на самом деле должно оставаться окно наверху. Вы можете запустить Exceed также в режиме «Полноэкранный режим», где открывается все окно, в котором все клиенты X11 работают на своем маленьком рабочем столе. Входящий в нее WM будет управлять только клиентами X11, но снова не сможет передать свою информацию в Windows.
Что вам действительно нужно, это какой-то обход, который будет подключаться к Exceed параллельно и синхронизирует свойства окна Windows (политика) с ICCCM/EWMH на стороне X11. Такая программа вполне осуществима, но я не знаю о какой-либо имеющейся у вас программе.
Супер комментарий спасибо! – yatg