скрипт python для вызова себя с помощью xvfb

Question

Я написал сценарий, который генерирует филогенгенное дерево с ete3 package, скрипт работает на безголовом сервере, поэтому его необходимо запустить с xvfb-run (за here).

Я установил скрипт для проверки (через системный вызов ps), если он был вызван с помощью xvfb. В случае, когда скрипт python запускается без xvfb-run (например, python script.py...), существует ли простой способ для меня убить процесс и повторно запустить его правильно (например, xvfb-run python script.py...) из исходного вызова сценария?

Я пробовал взломать что-то вместе с os.system() звонки на ps, но мне не очень повезло. У кого-нибудь есть предложения?

Answer 1

Мне удалось собрать что-то вместе, просто добавьте функцию check_xvfb() в начало вашего скрипта.

def check_xvfb(): 
    """ 
    Use of the ete3 library from the command line requires an X11 server 
    which doesn't exist on this headless Ubuntu server. One way around this 
    is to use xvfb-run. This function checks that the script was properly 
    launched with xvfb-run; if not, it will relaunch it (with the same options) 
    and then terminate the previously called script 
                                      Parameters 
    ----------                                none 

    Returns 
    ------- 
    none 

    """ 

    # CHECK IF SCRIPT PROPERLY LAUNCHED 
    # see http://stackoverflow.com/a/6550543/1153897 for explanation of 'cat' 
    # grep -v ignores the ps -ef call since it'll match itself 
    comm = 'ps -ef | grep xvfb-run | grep %s | grep -v grep | cat' %os.path.splitext(os.path.basename(sys.argv[0]))[0] 
    output = subprocess.check_output(comm, shell=True) 

    if not len(output): # script not called properly 
     print 'script not called properly, retrying...' 
     comm_run = 'xvfb-run ' + ' '.join(sys.argv) 
     os.system(comm_run) # properly call script 
     sys.exit(0) 
    else: 
     print 'script called properly!'