Получение вывода команды оболочки в bash array

Question

У меня есть выход uniq -c, который выводит около 7-10 строк с подсчетом каждого шаблона, который повторялся для каждого уникального шаблона линии. Я хочу сохранить вывод моего файла uniq -c file.txt в массив bash. Прямо сейчас все, что я могу сделать, это сохранить вывод в переменной и распечатать его. Однако bash в настоящее время думает, что весь вывод - это только одна большая строка.

Как bash распознает разделители? Как вы храните вывод команд оболочки UNIX в виде массивов Bash?

Вот мой текущий код:

proVar=`awk '{printf ("%s\t\n"), $1}' file.txt | grep -P 'pattern' | uniq -c` 
echo $proVar 

И токовый выход я получаю:

587 chr1 578 chr2 359 chr3 412 chr4 495 chr5 362 chr6 287 chr7 408 chr8 285 chr9 287 chr10 305 chr11 446 chr12 247 chr13 307 chr14 308 chr15 365 chr16 342 chr17 245 chr18 252 chr19 210 chr20 193 chr21 173 chr22 145 chrX 58 chrY 

Вот что я хочу:

proVar[1] = 2051 
proVar[2] = 1243 
proVar[3] = 1068 
... 
proVar[22] = 814 
proVar[X] = 72 
proVar[Y] = 13 

В конечном счете, я м надеясь сделать штрих-код на основе подсчетов для каждого индекса, где каждые 50 отсчетов равны одному знаку «=». Он будет, надеюсь, выглядеть следующим образом:

chr1 =========== 
chr2 =========== 
chr3 ======= 
chr4 ========= 
... 
chrX == 
chrY = 

Любая помощь, ребята?

Answer 1

Чтобы построить ассоциативный массив, попробуйте следующее:

declare -A proVar 
while read -r val key; do 
    proVar[${key#chr}]=$val 
done < <(awk '{printf ("%s\t\n"), $1}' file.txt | grep -P 'pattern' | uniq -c) 

^{Примечание: Это предполагает, что выход вашего командования состоит из нескольких линий, каждая из которых содержит пару один ключ-значение; однострочный вывод, показанный в вашем вопросе, исходит от прохождения $proVar для эха без двойных кавычек.}

• Использует while петлю, чтобы читать каждую выходную линию от замещения процесса (<(...)).
• ключ для каждого ассоциированного партнера. запись массива формируется путем удаления префикса chr из первого элемента, разделенного пробелами, в каждой строке ввода, тогда как значение - это остальная часть строки (после разделительного пространства).

Чтобы затем создать бар участок, использование:

while IFS= read -r key; do 
    echo "chr${key} $(printf '=%.s' $(seq $((${proVar[$key]}/50))))" 
done < <(printf '%s\n' "${!proVar[@]}" | sort -n) 

^{Примечание: Использование sort -n для сортировки ключей поместит ключи нецифровых такие как X и Yперед числовыми на выходе ,}

• $((${proVar[$key]}/50)) вычисляет количество = символов.для отображения, используя целое число деление в арифметическом расширении.
• Цель $(seq ...) состоит в том, чтобы просто создать столько жетонов (аргументы), как = символы. (маркеры, созданные как цифры, но их содержимое не имеет значения).
• printf '=%.s' ... - это трюк, который эффективно печатает как можно больше символов =. так как есть аргументы, следующие за строкой формата.
• printf '%s\n' "${!proVar[@]}" | sort -n сортирует ключи партнера. массив, а его выход подается через подстановку процесса в цикл while, который поэтому выполняет итерации по ключам в отсортированном порядке.

Answer 2

Вы можете создать массив в уступке с помощью круглых скобок:

proVar=(`awk '{printf ("%s\t\n"), $1}' file.txt | grep -P 'pattern' | uniq -c`) 

Там нет встроенного способа создать ассоциативный массив непосредственно от входа. Для этого вам понадобится дополнительный цикл.