Как получить фрагменты из последовательности ДНК

Question

Я хочу разрезать геном ДНК на любой размер k-mer, поэтому я создал функцию Sliding_DNA (dna_list, size_to_split), но я не работаю.

Может кто-нибудь мне помочь!

При печати из переменных pedazos, она дает мне следующее:

'CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC', 'CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC', 'AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA', 'TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT', 'TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT'] 

Код:

def Sliding_DNA(dna_list,size_to_split): 

# range por el que va a slide 

#vecesRecorrer = int(len(dna_list)/500) 

lista_temp = [] 


#dna_to_split = dna_list[0] 

#print(dna_to_split) 

posiInicial = 0 

posiFinal = 0 

test = 'AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAATATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAGCCCGCACCTGACAGTGCGGGCTTTTTTTTCGACCAAAGGTAACGAGGTAACAACCATGCGAGTGTTGAAGTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCGGGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCCAGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTGAAAAAACCATT' 

for nucleotide in test: 

    pedazo = "" 

    posiFinal = posiInicial + size_to_split 

    for posiInicial in xrange(posiFinal): 

     pedazo += nucleotide 

     if len(pedazo)==size_to_split: 

      lista_temp.append(pedazo) 

    posiInicial += size_to_split 


return lista_temp 


pedazos = Sliding_DNA(dna_list,100) 

Answer 1

Проблема в том, что это,

pedazo += posiInicial 

Вы назначены пустым string до pedazo переменной, поэтому это строка. posiInicial переменная содержит целое число. Таким образом, python запутывает при конкатенации или выполнении + по строкам и целым числам.

Таким образом изменить значение pedazo для 0

pedazo = 0 

cont += 1 

posiFinal = posiInicial + 500 

for posiInicial in xrange(posiFinal): 

    pedazo += posiInicial