система широкий libxml2 не работает, компиляция из источников failes в Configure

Question

общесистемного libxml2

Я хочу, чтобы скомпилировать Chroma набор физического моделирования на суперкомпьютере JUQUEEN, который является установка IBM BlueGene/Q. Интерфейсы работают на RedHat Linux 6. Архитектура - это PowerPC 7 как на интерфейсных, так и на вычислительных узлах. Однако эти процессоры отличаются друг от друга, но на интерфейсе есть IBM Power 740, вычислительными узлами являются чипы IBM Power A2. Использование компиляторов, таких как mpigcc и mpig++, автоматически перекрестно компилируется для вычислительных узлов.

Современные версии программ могут быть загружены в путь с использованием module. Существуют зависимости от двух других библиотек, которые необходимо скомпилировать. На данный момент я закончил с qmp. qdpxx также зависит от libxml2 и это, где я застрял:

chroma --- qdpxx --- qmp 
       \-- libxml2 

На моей Fedora 24 станции, я могу скомпилировать qdpxx просто отлично с помощью системы широко установка libxml2. Я только что установил пакеты RPM libxml2 и libxml2-devel и не должен был указывать любые -with-libxml2=DIR аргументы qdpxx/configure.

На суперкомпьютере интерфейсе, я получаю это:

+ ./configure --prefix=/homec/hbn28/hbn28e/local/ --host=powerpc64-bgq-linux --build=powerpc64-unknown-linux-gnu --enable-bgq-thread-binding --enable-openmp --enable-parallel-arch=parscalar --enable-precision=double --enable-parallel-io --enable-qdp-alignment=128 --with-qmp=/homec/hbn28/hbn28e/local/ 'CFLAGS=-O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c99 -fopenmp --std=gnu99' 'CXXFLAGS=-O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c++11 -fopenmp' LDFLAGS= LIBS= CC=/bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpigcc CXX=/bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++ 
checking for C++ compiler default output file name... a.out 
checking whether the C++ compiler works... yes 
checking whether we are cross compiling... yes 
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o 
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes 
checking whether /bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++ accepts -g... yes 
checking for powerpc64-bgq-linux-ranlib... no 
checking for ranlib... ranlib 
configure: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet 
checking for powerpc64-bgq-linux-ar... no 
checking for ar... ar 
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c 
checking whether build environment is sane... yes 
checking for powerpc64-bgq-linux-strip... no 
checking for strip... strip 
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p 
checking for gawk... gawk 
checking whether make sets $(MAKE)... yes 
checking for style of include used by make... GNU 
checking dependency style of /bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++... gcc3 
configure: Configuring QDP++ for Nd = 4 
configure: Configuring QDP++ for Nc = 3 
configure: Configuring QDP++ for Ns = 4 
configure: Configuring QDP++ Alignment size=16 
configure: Fallback to generic C routines if needed: yes 
configure: Enabling BGQ Thread Binding 
configure: Configuring for double precision 
configure: Configuring QDP++ with cb2 layout 
configure: Parscalar build! Checking for QMP 
checking for qmp-config... /homec/hbn28/hbn28e/local//bin/qmp-config 
configure: Found QMP configuration program /homec/hbn28/hbn28e/local//bin/qmp-config 
configure: QMP compile flags: -I/homec/hbn28/hbn28e/local/include 
configure: QMP linking flags: -L/homec/hbn28/hbn28e/local/lib 
configure: QMP libraries flags: -lqmp 
checking if we can compile/link of a simple QMP C++ program... yes 
Value of with_libxml2 is XX 
checking for xml2-config... /usr/bin/xml2-config 
configure: Found libxml2 configuration program 
configure: libxml2 compile flags: -I/usr/include/libxml2 
configure: libxml2 libraries flags: -lxml2 -lz -lm 
checking if we can compile/link a simple libxml2 program... no 
configure: error: Cannot compile/link a program with libxml2. 
    Use --with-libxml2=<dir> to select a working version. 

qdpxx/config.log В, соответствующий раздел это здесь:

configure:4321: checking for xml2-config 
configure:4339: found /usr/bin/xml2-config 
configure:4351: result: /usr/bin/xml2-config 
configure:4370: Found libxml2 configuration program 
configure:4374: libxml2 compile flags: -I/usr/include/libxml2 
configure:4378: libxml2 libraries flags: -lxml2 -lz -lm 
configure:4386: checking if we can compile/link a simple libxml2 program 
configure:4434: /bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++ -o conftest -O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c++11 -fopenmp -I/usr/include/libxml2 conftest.cpp -lxml2 -lz -lm >&5 
conftest.cpp: In function 'int main()': 
conftest.cpp:30:16: warning: deprecated conversion from string constant to 'char*' [-Wwrite-strings] 
    char *docname="foo"; 
       ^
conftest.cpp:28:13: warning: unused variable 'argc' [-Wunused-variable] 
     int argc ; char **argv ; 
      ^
conftest.cpp:28:27: warning: unused variable 'argv' [-Wunused-variable] 
     int argc ; char **argv ; 
         ^
conftest.cpp:29:19: warning: variable 'doc' set but not used [-Wunused-but-set-variable] 
     xmlDocPtr doc; 
       ^
/usr/local/bg_soft/gcc/4.9.3/bin/../lib/gcc/powerpc64-bgq-linux/4.9.3/../../../../powerpc64-bgq-linux/bin/ld: cannot find -lxml2 
/usr/local/bg_soft/gcc/4.9.3/bin/../lib/gcc/powerpc64-bgq-linux/4.9.3/../../../../powerpc64-bgq-linux/bin/ld: cannot find -lz 
collect2: error: ld returned 1 exit status 
configure:4441: $? = 1 
configure: failed program was: 
| /* confdefs.h. */ 
| #define PACKAGE_NAME "qdp++" 
| #define PACKAGE_TARNAME "qdp--" 
| #define PACKAGE_VERSION "1.44.0" 
| #define PACKAGE_STRING "qdp++ 1.44.0" 
| #define PACKAGE_BUGREPORT "edwards@jlab.org" 
| #define PACKAGE "qdp--" 
| #define VERSION "1.44.0" 
| #define QDP_ND 4 
| #define QDP_NC 3 
| #define QDP_NS 4 
| #define QDP_AC_ALIGNMENT_SIZE 16 
| #define QDP_USE_GENERIC_OPTS 1 
| #define QDP_USE_BLUEGENEL 1 
| #define BASE_PRECISION 64 
| #define QDP_USE_CB2_LAYOUT 1 
| #define ARCH_PARSCALAR 1 
| #define QDP_USE_LIBXML2 1 
| /* end confdefs.h. */ 
| 
|   #include <libxml/xmlmemory.h> 
|  #include <libxml/parser.h> 
| 
| int 
| main() 
| { 
| 
|   int argc ; char **argv ; 
|   xmlDocPtr doc; 
|  char *docname="foo"; 
|  doc = xmlParseFile(docname); 
|   ; 
|   ; 
| 
| ; 
| return 0; 
| } 
configure:4483: result: no 
configure:4486: error: Cannot compile/link a program with libxml2. 
    Use --with-libxml2=<dir> to select a working version. 

cannot find -lxml2 звучит как нет /usr/lib/libxml2.so. И действительно, их там нет. Запуск locate libxml дает следующие интересные строки:

/usr/include/libxml2/libxml/xpath.h 
... 
/usr/include/libxml2/libxml/xpointer.h 
/usr/lib/libxml2.so.2 
/usr/lib/libxml2.so.2.7.6 
/usr/lib64/libxml2.so 
/usr/lib64/libxml2.so.2 
/usr/lib64/libxml2.so.2.7.6 

Видимо, 32-битная версия имеет странное так-имя и только 64-разрядная версия имеет регулярное так-имя. Попытка добавить -L/usr/lib64 получилось сломать другие вещи:

+ ./configure --prefix=/homec/hbn28/hbn28e/local/ --host=powerpc64-bgq-linux --build=powerpc64-unknown-linux-gnu --enable-bgq-thread-binding --enable-openmp --enable-parallel-arch=parscalar --enable-precision=double --enable-parallel-io --enable-qdp-alignment=128 --with-qmp=/homec/hbn28/hbn28e/local/ 'CFLAGS=-O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c99 -fopenmp --std=gnu99' 'CXXFLAGS=-O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c++11 -fopenmp' LDFLAGS=-L/usr/lib64/ LIBS= CC=/bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpigcc CXX=/bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++ 
checking for C++ compiler default output file name... 
configure: error: in `/homec/hbn28/hbn28e/qdpxx': 
configure: error: C++ compiler cannot create executables 
See `config.log' for more details. 

В файле журнала, он говорит следующее:

configure:2159: /bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++ -O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c++11 -fopenmp -L/usr/lib64/ conftest.cpp >&5 
/usr/local/bg_soft/gcc/4.9.3/bin/../lib/gcc/powerpc64-bgq-linux/4.9.3/../../../../powerpc64-bgq-linux/lib/crt1.o: In function `_start_no_magic': 
(.text+0x58): undefined reference to `__libc_no_magic_start_main' 
/bgsys/local/gcc/4.9.3/powerpc64-bgq-linux/lib/libdl.so.2: undefined reference to `_dl_addr_range@GLIBC_PRIVATE' 
collect2: error: ld returned 1 exit status 
configure:2163: $? = 1 
configure:2201: result: 
configure: failed program was: 
| /* confdefs.h. */ 
| #define PACKAGE_NAME "qdp++" 
| #define PACKAGE_TARNAME "qdp--" 
| #define PACKAGE_VERSION "1.44.0" 
| #define PACKAGE_STRING "qdp++ 1.44.0" 
| #define PACKAGE_BUGREPORT "edwards@jlab.org" 
| /* end confdefs.h. */ 
| 
| int 
| main() 
| { 
| 
| ; 
| return 0; 
| } 
configure:2207: error: in `/homec/hbn28/hbn28e/qdpxx': 
configure:2210: error: C++ compiler cannot create executables 

кажется, что я просто кайфом все другие пути, где библиотеки могут находиться такие что ничего не строится.

Пытается создать символическую ссылку от /usr/lib/libxml2.so.2 до $HOME/libxml2.so и аддонов -L$HOME также не работает.

Попытка компиляции libxml2 из Git

На данный момент я остановился проводит широкую установку системы и попытался установить libxml2 из репозитория Git. Поэтому я клонировал репозиторий и набрал ./autogen.sh. Это не получилось:

Checking zlib 
./configure: line 12546: syntax error near unexpected token `Z,zlib,' 
./configure: line 12546: ` PKG_CHECK_MODULES(Z,zlib,' 

Авторучки там утверждают, что они версии 2.69. Это та же самая версия, установленная в университетском кластере (где она также не работает). На моей рабочей станции Fedora 24 установлена ​​такая же версия, но ./autogen.sh просто проходит и создает Makefile.

---

Я немного потерял сейчас. Есть ли ошибка в скрипте сборки libxml2, если он не работает на ppc64 RedHat, а также на кластере университетов Debian , но не на моем ноутбуке Fedora?

Как я могу получить configure скрипт qdpxx, чтобы использовать системную установку libxml2? Он уже извлечь соответствующие флаги с помощью xml2-config:

configure: libxml2 compile flags: -I/usr/include/libxml2 
configure: libxml2 libraries flags: -lxml2 -lz -lm 

Что я могу сделать, чтобы моя программа составлена ​​дальше?

Answer 1

Выполнение ln -fs /usr/share/aclocal/pkg.m4 . в исходном каталоге configure найти PKG_PROG_PKG_CONFIG. Тем не менее, по-прежнему существует синтаксическая ошибка. Rerunning autoreconf создал файл configure, который больше не имеет синтаксических ошибок.