Проблемы с производительностью list.files

Question

Я пытаюсь получить файлы с 3 сетевых дисков, используя list.files, и это требуется навсегда. Когда я использую find в оболочке, он возвращает все результаты менее чем за 15 секунд.

system.time(
    jnk <- list.files(c("/Volumes/massspec", "/Volumes/massspec2", "/Volumes/massspec3"), 
        pattern='_MA_.*_HeLa_', 
        recursive=TRUE)) 
# user system elapsed 
# 1.567 6.381 309.500 

Вот эквивалентная команда оболочки.

time find /Volumes/masssp* -name *_MA_*_HeLa_* 
# real 0m13.776s 
# user 0m0.361s 
# sys 0m0.620s 

Мне нужно решение, которое работает в системах Windows и Unix. У кого-нибудь хорошая идея? Сетевые диски имеют около 120 000 файлов, но около 16 ТБ. Так что не так много файлов, но очень больших.

Answer 1

Основываясь на комментарий, я написал небольшую функцию R, который должен работать на ОС Windows и Unix ...

quickFileSearch <- function(path, pattern) { 
    switch (.Platform$OS.type, 
      unix={ 
      paths <- paste(path, collapse=' ') 
      command <- paste('find', paths, '-name', pattern) 
      system(command, intern=TRUE) 
      }, 
      windows={ 
      paths <- paste(file.path(path, pattern, 
            fsep='\\'), 
          collapse=' ') 
      command <- paste('dir', paths, '/b /s /a-d') 
      shell(command, intern=TRUE)} 
) 
} 

Все это не так много еще проверял, но это работает для моих целей.